More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1970 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  93.85 
 
 
390 aa  724    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.337788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  100 
 
 
390 aa  788    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  74.62 
 
 
390 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  71.28 
 
 
387 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  69.49 
 
 
391 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  69.23 
 
 
391 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  69.48 
 
 
407 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  66.33 
 
 
392 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  67.76 
 
 
409 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  53.01 
 
 
410 aa  334  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.48 
 
 
438 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  41.4 
 
 
384 aa  271  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  41.13 
 
 
414 aa  269  5.9999999999999995e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  41.53 
 
 
391 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  40.83 
 
 
414 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  39.44 
 
 
415 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  43.7 
 
 
569 aa  251  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  39.95 
 
 
408 aa  246  6e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  39.95 
 
 
408 aa  245  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  40.12 
 
 
445 aa  243  6e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.94 
 
 
401 aa  239  5e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 
410 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  38.08 
 
 
385 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  38.34 
 
 
399 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  38.23 
 
 
397 aa  227  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  37.98 
 
 
428 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  39.27 
 
 
435 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  36.07 
 
 
393 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  39.48 
 
 
420 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  37.63 
 
 
397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 
397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 
397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  38.14 
 
 
383 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  36.81 
 
 
405 aa  214  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.6 
 
 
396 aa  209  5e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2220  RND family efflux transporter MFP subunit  36.09 
 
 
399 aa  209  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  37.82 
 
 
428 aa  208  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  36.69 
 
 
401 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  36.69 
 
 
401 aa  206  5e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.83 
 
 
399 aa  206  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  36.69 
 
 
401 aa  206  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  35.39 
 
 
430 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  37.17 
 
 
393 aa  204  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.1 
 
 
398 aa  203  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.31 
 
 
387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  37.25 
 
 
389 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  37.02 
 
 
382 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  37.09 
 
 
409 aa  199  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  35.94 
 
 
416 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  32.72 
 
 
371 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.72 
 
 
371 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  32.72 
 
 
371 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  32.72 
 
 
371 aa  195  9e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  32.72 
 
 
371 aa  195  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  32.72 
 
 
371 aa  195  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  32.72 
 
 
371 aa  195  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  32.72 
 
 
371 aa  195  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.1 
 
 
397 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  32.72 
 
 
371 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  35.71 
 
 
405 aa  194  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  36.77 
 
 
394 aa  194  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  36.27 
 
 
444 aa  192  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  36.1 
 
 
401 aa  192  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.4 
 
 
393 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 
396 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  33.06 
 
 
405 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 
416 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 
416 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  33.95 
 
 
416 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  30.77 
 
 
390 aa  187  4e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  32.03 
 
 
406 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.95 
 
 
410 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  31.42 
 
 
390 aa  186  7e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 
406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  33.25 
 
 
370 aa  184  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  33.25 
 
 
370 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  31.28 
 
 
390 aa  184  3e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  33.72 
 
 
399 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  32.98 
 
 
370 aa  183  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  33.33 
 
 
371 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  29.41 
 
 
377 aa  182  1e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  32.29 
 
 
372 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  32.29 
 
 
372 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  32.29 
 
 
372 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  32.29 
 
 
372 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  32.09 
 
 
402 aa  177  2e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  32.29 
 
 
372 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 
464 aa  177  4e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2236  secretion protein HlyD  33.07 
 
 
404 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  30.79 
 
 
397 aa  171  2e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  33.61 
 
 
348 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  31.09 
 
 
394 aa  167  2e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  33.04 
 
 
394 aa  166  6.9999999999999995e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  27.73 
 
 
455 aa  161  2e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  27.05 
 
 
456 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  33.11 
 
 
412 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 
432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  26.64 
 
 
424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 
409 aa  128  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 
416 aa  126  5e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>