More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3445 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  93.77 
 
 
444 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
401 aa  779    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  56.02 
 
 
430 aa  355  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  53.12 
 
 
405 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  53.61 
 
 
405 aa  330  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  52.44 
 
 
428 aa  330  4e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2236  secretion protein HlyD  53.24 
 
 
404 aa  328  9e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  47.41 
 
 
399 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.87 
 
 
396 aa  300  2e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  44.85 
 
 
405 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  44.73 
 
 
396 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  46.52 
 
 
409 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  46.84 
 
 
420 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  44.84 
 
 
399 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  45.79 
 
 
385 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  44.72 
 
 
435 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  44.72 
 
 
428 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.69 
 
 
410 aa  271  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  45.85 
 
 
397 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  40.79 
 
 
393 aa  270  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  44.2 
 
 
401 aa  269  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  44.2 
 
 
401 aa  269  7e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.98 
 
 
399 aa  269  8e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  44.36 
 
 
393 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  43.8 
 
 
416 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  44.2 
 
 
401 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.8 
 
 
410 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  43.8 
 
 
416 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  43.8 
 
 
416 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  45.45 
 
 
397 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  45.45 
 
 
397 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  45.45 
 
 
397 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 
406 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 
406 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.54 
 
 
393 aa  261  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.89 
 
 
398 aa  260  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  40.94 
 
 
416 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2220  RND family efflux transporter MFP subunit  42.32 
 
 
399 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  41.53 
 
 
383 aa  250  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  44.57 
 
 
382 aa  249  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.87 
 
 
397 aa  249  8e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.41 
 
 
387 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  39.43 
 
 
371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  39.43 
 
 
371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.43 
 
 
371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  42.22 
 
 
389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  39.43 
 
 
371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  39.43 
 
 
371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  39.43 
 
 
371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  39.43 
 
 
371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  40.5 
 
 
371 aa  234  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  39.18 
 
 
371 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  38.62 
 
 
370 aa  230  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  38.62 
 
 
370 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  35.93 
 
 
456 aa  229  6e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  38.36 
 
 
370 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.48 
 
 
392 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  35.93 
 
 
455 aa  224  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  37.98 
 
 
390 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  39.45 
 
 
408 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  36.78 
 
 
384 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  39.48 
 
 
407 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  40.64 
 
 
371 aa  220  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 
464 aa  219  6e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  41.79 
 
 
445 aa  219  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  39.18 
 
 
408 aa  218  1e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  38.61 
 
 
348 aa  218  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  40.82 
 
 
409 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  38.5 
 
 
391 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  41.28 
 
 
394 aa  217  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  40.06 
 
 
372 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  37.96 
 
 
414 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  39.78 
 
 
372 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  39.5 
 
 
372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  39.78 
 
 
372 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  39.78 
 
 
372 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  34.74 
 
 
390 aa  212  7.999999999999999e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  33.33 
 
 
377 aa  212  7.999999999999999e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  35.67 
 
 
390 aa  211  2e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  35.26 
 
 
390 aa  209  5e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  37.53 
 
 
387 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 
415 aa  209  7e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 
414 aa  207  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  32.81 
 
 
394 aa  206  5e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  36.1 
 
 
390 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  35.43 
 
 
394 aa  204  3e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.09 
 
 
390 aa  202  7e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.337788  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.87 
 
 
438 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.43 
 
 
401 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  33.61 
 
 
397 aa  200  3e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  35.68 
 
 
391 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  35.86 
 
 
391 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  36.87 
 
 
410 aa  187  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  33.06 
 
 
402 aa  186  7e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  35.03 
 
 
569 aa  166  9e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  31.81 
 
 
390 aa  154  2e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 
444 aa  145  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 
489 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  32.42 
 
 
413 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 
404 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>