More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2234 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 407 aa  828    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  48.65 
 
 		 366 aa  363  4e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1316  secretion protein HlyD  26.81 
 
 		 501 aa  166  8e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 432 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.88 
 
 		 365 aa  143  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0188  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 369 aa  143  6e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  28.75 
 
 		 367 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  29.23 
 
 		 367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  29.23 
 
 		 370 aa  130  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 369 aa  125  9e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.61 
 
 		 366 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3466  AbgT putative transporter  28.5 
 
 		 361 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.081468 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  28.03 
 
 		 523 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  29.07 
 
 		 365 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 		 379 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 374 aa  119  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.36 
 
 		 367 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  28.32 
 
 		 354 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.25 
 
 		 367 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  28.71 
 
 		 390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.68 
 
 		 379 aa  117  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  27.47 
 
 		 359 aa  116  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  27.48 
 
 		 366 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  26.22 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  27.56 
 
 		 357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 379 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  28.32 
 
 		 368 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  28.5 
 
 		 418 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  28.31 
 
 		 405 aa  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  28.52 
 
 		 357 aa  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  25.77 
 
 		 367 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.25 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  27.72 
 
 		 372 aa  111  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  27.62 
 
 		 359 aa  111  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  27.72 
 
 		 372 aa  111  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  27.16 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  31.67 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.88 
 
 		 356 aa  110  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 369 aa  109  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  33.69 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 377 aa  109  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 379 aa  109  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  27.56 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 361 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.49 
 
 		 366 aa  107  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 		 369 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.85 
 
 		 469 aa  106  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 371 aa  106  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 390 aa  106  9e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  25.19 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 403 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.33 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  26.05 
 
 		 369 aa  104  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  27.43 
 
 		 358 aa  104  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 371 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 366 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1551  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 398 aa  103  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.828693  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  24.94 
 
 		 358 aa  103  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.51 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 353 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  32.42 
 
 		 368 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 370 aa  101  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 		 364 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  25.13 
 
 		 357 aa  99.8  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 359 aa  99.4  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  30.7 
 
 		 394 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  26.44 
 
 		 384 aa  98.2  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 387 aa  98.6  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 355 aa  98.2  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 381 aa  97.8  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.83 
 
 		 378 aa  97.8  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.73 
 
 		 356 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0695  hypothetical protein  30.9 
 
 		 281 aa  97.1  5e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  25.31 
 
 		 358 aa  97.1  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0713  hypothetical protein  30.9 
 
 		 281 aa  96.7  7e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.06 
 
 		 397 aa  96.7  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 383 aa  96.3  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  27.68 
 
 		 378 aa  96.3  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 		 360 aa  95.9  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 		 366 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04839  RND efflux membrane fusion protein  27.86 
 
 		 365 aa  95.5  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  24.25 
 
 		 417 aa  95.9  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 360 aa  95.9  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  26.5 
 
 		 384 aa  95.5  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 360 aa  95.5  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 364 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  25.68 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 357 aa  95.1  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 		 387 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  29.92 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 		 393 aa  94.7  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>