More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1435 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 359 aa  726    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  71.47 
 
 		 360 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  71.93 
 
 		 360 aa  475  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.18 
 
 		 360 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  73.18 
 
 		 360 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  70.76 
 
 		 360 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  71.26 
 
 		 360 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  72.51 
 
 		 359 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  70.99 
 
 		 367 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  53.06 
 
 		 364 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  51.98 
 
 		 360 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  50.72 
 
 		 360 aa  353  2e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  50.58 
 
 		 360 aa  339  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  37.87 
 
 		 384 aa  225  8e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  37.22 
 
 		 366 aa  216  5e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.62 
 
 		 388 aa  207  3e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  36.36 
 
 		 403 aa  205  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 		 370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  34.77 
 
 		 432 aa  197  3e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  35.65 
 
 		 343 aa  192  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  34.08 
 
 		 343 aa  189  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  35.14 
 
 		 343 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  31.32 
 
 		 354 aa  175  9e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 368 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  34.34 
 
 		 357 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 		 360 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 		 360 aa  172  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  35.38 
 
 		 360 aa  172  5e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  31.93 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  34.83 
 
 		 358 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  32.67 
 
 		 357 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  34.83 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  33.15 
 
 		 369 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  35.42 
 
 		 331 aa  165  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 389 aa  162  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  32.3 
 
 		 357 aa  158  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  32.39 
 
 		 357 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  31.49 
 
 		 359 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  31.48 
 
 		 364 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.14 
 
 		 390 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  31.49 
 
 		 359 aa  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  28.42 
 
 		 415 aa  143  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 		 371 aa  143  4e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  28.81 
 
 		 358 aa  143  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.82 
 
 		 366 aa  142  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  29.71 
 
 		 365 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  30.6 
 
 		 523 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  31.86 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  27.84 
 
 		 353 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  27.62 
 
 		 359 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  28.22 
 
 		 359 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  31.03 
 
 		 357 aa  129  6e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  33.12 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.38 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.05 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.84 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  30.16 
 
 		 366 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  32.71 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.3 
 
 		 379 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.4 
 
 		 366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  29.29 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 384 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  29.14 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  31.82 
 
 		 366 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 351 aa  116  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 469 aa  116  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 365 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.96 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 379 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.85 
 
 		 392 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 369 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.06 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 370 aa  108  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 361 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  29.59 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.59 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 383 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.34 
 
 		 362 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923896  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 418 aa  106  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  29.07 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  29.3 
 
 		 359 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  29.7 
 
 		 396 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2532  secretion protein HlyD  29.84 
 
 		 363 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 387 aa  103  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 355 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 357 aa  102  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  25.48 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>