More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1296 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  85.56 
 
 		 374 aa  645    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 373 aa  760    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  96.25 
 
 		 373 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  97.05 
 
 		 373 aa  717    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  73.44 
 
 		 370 aa  554  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  74.93 
 
 		 368 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  74.93 
 
 		 368 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  74.66 
 
 		 368 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  74.66 
 
 		 368 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  60.91 
 
 		 375 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  58.4 
 
 		 374 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  56.18 
 
 		 370 aa  411  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  57.62 
 
 		 373 aa  390  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  57.35 
 
 		 370 aa  386  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  53.6 
 
 		 371 aa  368  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  53.87 
 
 		 370 aa  360  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.36 
 
 		 379 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  30.5 
 
 		 379 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0251  efflux transporter  30.51 
 
 		 383 aa  142  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  29.33 
 
 		 510 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  31.21 
 
 		 407 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  33.76 
 
 		 409 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.26 
 
 		 407 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.03 
 
 		 366 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  30.88 
 
 		 410 aa  100  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 360 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  30.74 
 
 		 467 aa  97.4  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  29.48 
 
 		 405 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 631 aa  94  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 523 aa  93.6  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  25.64 
 
 		 360 aa  90.9  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 		 377 aa  90.1  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 418 aa  89.7  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 384 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.25 
 
 		 383 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.73 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  25.61 
 
 		 368 aa  88.2  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.33 
 
 		 417 aa  88.6  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.07 
 
 		 379 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.69 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 364 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 387 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.42 
 
 		 367 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 437 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 437 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 402 aa  86.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2484  secretion protein HlyD  27.13 
 
 		 369 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00634188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 385 aa  86.3  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 348 aa  86.3  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 		 379 aa  86.3  9e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  25.07 
 
 		 402 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 380 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  30.42 
 
 		 421 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 		 395 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 363 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 400 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 407 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 		 368 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  27.24 
 
 		 419 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 359 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1063  hypothetical protein  30.13 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  29.05 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  33.17 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0591  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 		 350 aa  84  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.48 
 
 		 421 aa  84  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  27.6 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  25.34 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 355 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  24.46 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  28.66 
 
 		 409 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 		 356 aa  82.8  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.14 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  27 
 
 		 414 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 409 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 		 365 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 472 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 391 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 366 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 478 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  30.99 
 
 		 478 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  28.66 
 
 		 392 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2797  secretion protein HlyD  24.74 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.798419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1586  secretion protein HlyD  24.14 
 
 		 377 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000231295  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  32.88 
 
 		 410 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.13 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>