More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1148 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 373 aa  756    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  66.67 
 
 		 370 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  61.27 
 
 		 368 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  60.98 
 
 		 368 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  56.46 
 
 		 370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  61.27 
 
 		 368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.98 
 
 		 368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  57.81 
 
 		 374 aa  396  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  56.81 
 
 		 375 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  56.41 
 
 		 374 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  57.34 
 
 		 373 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  57.62 
 
 		 373 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  57.66 
 
 		 373 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  53.78 
 
 		 370 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  55.9 
 
 		 370 aa  363  2e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  49.86 
 
 		 371 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.62 
 
 		 379 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  32.72 
 
 		 379 aa  178  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  32.12 
 
 		 510 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0251  efflux transporter  28.61 
 
 		 383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 631 aa  119  9e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 384 aa  102  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.89 
 
 		 366 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 417 aa  99.4  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  26.91 
 
 		 372 aa  99.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 385 aa  97.1  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  27.38 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 372 aa  97.4  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 363 aa  96.7  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  23.42 
 
 		 371 aa  96.7  6e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 364 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 361 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.16 
 
 		 367 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  25.56 
 
 		 359 aa  92.8  9e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 359 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 410 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.84 
 
 		 367 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1586  secretion protein HlyD  26.51 
 
 		 377 aa  92  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000231295  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4122  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.76 
 
 		 361 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6002  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 363 aa  92  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.249457  normal  0.124375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.12 
 
 		 379 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  30.69 
 
 		 407 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  25.34 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  25.55 
 
 		 523 aa  91.3  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 376 aa  90.5  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  27.94 
 
 		 405 aa  90.1  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 418 aa  89.7  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.28 
 
 		 388 aa  89.7  7e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 416 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  23.84 
 
 		 403 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 407 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.31 
 
 		 360 aa  87.8  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 356 aa  87.8  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  23.16 
 
 		 365 aa  87.4  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 		 384 aa  87.4  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  25.99 
 
 		 353 aa  87  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 		 402 aa  86.7  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 383 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 372 aa  86.7  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.35 
 
 		 379 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  23.22 
 
 		 368 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 		 397 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0809  hypothetical protein  27.02 
 
 		 360 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244326 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 366 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 361 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  23.84 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  23.84 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 370 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  23.84 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  24 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  24.46 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.81 
 
 		 375 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.92 
 
 		 367 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0188  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.02 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 361 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.04 
 
 		 352 aa  82  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  27.49 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3820  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.92 
 
 		 437 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  25.2 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4897  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.92 
 
 		 437 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.51776 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 402 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  30.36 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.25 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  29.75 
 
 		 392 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  25.49 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.58 
 
 		 369 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0289  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 378 aa  79.7  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.904783  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  23.05 
 
 		 390 aa  79.3  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>