More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3268 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 372 aa  754    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  77.42 
 
 		 372 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  77.15 
 
 		 372 aa  600  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  74.19 
 
 		 372 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  72.58 
 
 		 372 aa  565  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  69.35 
 
 		 372 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  55.65 
 
 		 368 aa  432  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  56.72 
 
 		 368 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  56.18 
 
 		 368 aa  432  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  56.3 
 
 		 367 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  49.06 
 
 		 373 aa  370  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  39.68 
 
 		 404 aa  265  7e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  37.43 
 
 		 381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  36.93 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.23 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.22 
 
 		 370 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  37.53 
 
 		 376 aa  225  8e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  33.69 
 
 		 376 aa  223  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.07 
 
 		 372 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  36.68 
 
 		 366 aa  213  3.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  31.68 
 
 		 382 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 382 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 		 382 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  31.55 
 
 		 406 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  35.12 
 
 		 372 aa  206  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  33.89 
 
 		 373 aa  205  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  36.97 
 
 		 377 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  35.46 
 
 		 365 aa  203  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  34.45 
 
 		 394 aa  202  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.49 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.49 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  34.37 
 
 		 380 aa  199  7.999999999999999e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  31.51 
 
 		 365 aa  199  9e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  33.61 
 
 		 376 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  35.54 
 
 		 372 aa  196  6e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  32.6 
 
 		 403 aa  195  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.7 
 
 		 380 aa  193  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.21 
 
 		 377 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  32.05 
 
 		 397 aa  192  9e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.93 
 
 		 377 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  29.81 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 403 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  35.25 
 
 		 370 aa  190  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  29.57 
 
 		 420 aa  189  5e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  33.88 
 
 		 366 aa  189  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  34.24 
 
 		 378 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.5 
 
 		 397 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  31.22 
 
 		 397 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  32.13 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  30.83 
 
 		 369 aa  181  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.05 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  31.98 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 365 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  37.74 
 
 		 365 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  30.35 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1497  RND family efflux transporter MFP subunit  32.43 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0655249  normal  0.432966 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2802  multidrug/cation efflux pump, membrane fusion protein subunit  32.43 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.92 
 
 		 396 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.62 
 
 		 383 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 		 356 aa  175  9e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  36.01 
 
 		 365 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  30.11 
 
 		 397 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  33.89 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.88 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 383 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 405 aa  167  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 		 362 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  29.92 
 
 		 394 aa  164  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  26.47 
 
 		 379 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  30.05 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  35.02 
 
 		 354 aa  161  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.99 
 
 		 387 aa  155  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  31.25 
 
 		 370 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 434 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 374 aa  152  8.999999999999999e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.8 
 
 		 388 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  29.14 
 
 		 360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  31.49 
 
 		 467 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 418 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  30.08 
 
 		 351 aa  146  7.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  31.63 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 351 aa  145  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  31.48 
 
 		 360 aa  142  7e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  27.19 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  25.37 
 
 		 376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.82 
 
 		 375 aa  141  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.19 
 
 		 340 aa  139  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1050  hypothetical protein  27.1 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  29.68 
 
 		 392 aa  136  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>