More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1962 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 393 aa  795    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  31.06 
 
 		 362 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 370 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  31.45 
 
 		 354 aa  160  5e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 387 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  28.93 
 
 		 356 aa  138  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  25.88 
 
 		 396 aa  103  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  27.97 
 
 		 361 aa  98.2  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 		 407 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  28.11 
 
 		 398 aa  96.7  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  28.29 
 
 		 419 aa  96.3  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  26.55 
 
 		 407 aa  96.3  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.87 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 410 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.15 
 
 		 455 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 370 aa  89  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  28.66 
 
 		 400 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6350  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 		 447 aa  86.7  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 409 aa  86.7  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  24.03 
 
 		 374 aa  86.7  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 370 aa  86.7  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  25.85 
 
 		 409 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 408 aa  84.3  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 		 357 aa  84.3  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  26.5 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 478 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  27.71 
 
 		 478 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 432 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.22 
 
 		 424 aa  83.2  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  24.15 
 
 		 375 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 361 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 366 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 397 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  28.43 
 
 		 409 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  26.84 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  24.92 
 
 		 406 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 410 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1276  secretion protein HlyD  25.41 
 
 		 553 aa  79  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  24.29 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5741  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 455 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 		 349 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5985  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 455 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.6 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  26.14 
 
 		 467 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 392 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 410 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 366 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.91 
 
 		 349 aa  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 349 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 392 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  26.54 
 
 		 357 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 371 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  27.25 
 
 		 357 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  25 
 
 		 367 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  24.09 
 
 		 416 aa  76.3  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  26.8 
 
 		 358 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.66 
 
 		 353 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.69 
 
 		 388 aa  75.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.52 
 
 		 363 aa  75.9  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  27.21 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  22.87 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.22 
 
 		 376 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  27.17 
 
 		 361 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  23.59 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  24.36 
 
 		 370 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  24.69 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  30.39 
 
 		 374 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1817  secretion protein HlyD  26.54 
 
 		 405 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00656691  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  25.47 
 
 		 353 aa  73.9  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.75 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.75 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  25.4 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.104314 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1676  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 367 aa  73.6  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>