More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2666 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 387 aa  779    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  39.25 
 
 		 362 aa  243  5e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  37.5 
 
 		 356 aa  226  4e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 362 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 356 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  33.44 
 
 		 354 aa  145  8.000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  30.8 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  30.8 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.8 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  29.3 
 
 		 396 aa  104  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  27.6 
 
 		 361 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.28 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 		 349 aa  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.01 
 
 		 407 aa  103  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  28.18 
 
 		 407 aa  99.8  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 358 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 360 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 360 aa  97.8  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 360 aa  97.8  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 		 358 aa  97.4  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 354 aa  96.7  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  29.03 
 
 		 360 aa  95.5  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  27.36 
 
 		 352 aa  94.4  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 		 357 aa  94.7  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  24.69 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 363 aa  91.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 360 aa  90.9  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 360 aa  90.9  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 363 aa  91.3  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  26.54 
 
 		 361 aa  90.9  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 385 aa  90.5  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 		 405 aa  90.1  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  29.07 
 
 		 354 aa  89.7  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  23.89 
 
 		 376 aa  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 349 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.23 
 
 		 430 aa  89  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 368 aa  89.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 352 aa  88.6  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 348 aa  88.6  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2818  secretion protein HlyD  28.13 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.41 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 361 aa  88.2  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  26.4 
 
 		 354 aa  87.8  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  23.4 
 
 		 370 aa  87.8  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 349 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  27.3 
 
 		 354 aa  87.4  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  25.31 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 349 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 		 354 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 410 aa  86.7  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.44 
 
 		 397 aa  86.7  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.22 
 
 		 357 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  30.45 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  26.01 
 
 		 364 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  30.52 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.15 
 
 		 383 aa  85.5  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 375 aa  85.1  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  29.55 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  29.55 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 342 aa  85.5  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.28 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000138483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  28.18 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.63 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 435 aa  82.8  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  27.73 
 
 		 349 aa  83.2  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3738  HlyD family secretion protein  28.44 
 
 		 265 aa  82.8  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 376 aa  82  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  27.81 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 		 368 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  25.75 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 374 aa  80.1  0.00000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 424 aa  79.7  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  30.25 
 
 		 362 aa  79.7  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  26.36 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  28.82 
 
 		 419 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  26.44 
 
 		 360 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  29.02 
 
 		 364 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  27.31 
 
 		 510 aa  79  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.74 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  24.29 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>