More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3738 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3738  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 265 aa  521  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0419  membrane-fusion protein  48.86 
 
 		 242 aa  202  3e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0907  hypothetical protein  43.75 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0679  hypothetical protein  43.3 
 
 		 251 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2054  secretion protein HlyD family protein  45.45 
 
 		 263 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0298  membrane-fusion protein-like protein  36.32 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0863454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0145  hypothetical protein  42.38 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0370  hypothetical protein  37.33 
 
 		 274 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.131053  normal  0.52823 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5409  hypothetical protein  37.72 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0388  hypothetical protein  31.7 
 
 		 283 aa  135  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.338994  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1151  hypothetical protein  33.65 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3072  hypothetical protein  36.87 
 
 		 250 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0477  hypothetical protein  33.92 
 
 		 268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.371945  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0668  hypothetical protein  38.68 
 
 		 260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.013392 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0474  hypothetical protein  36.36 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0569  secretion protein HlyD family protein  32.43 
 
 		 267 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1671  AcrA-like protein  29.95 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0632111  normal  0.139381 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.18 
 
 		 357 aa  99  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3183  AcrA-like protein  29.8 
 
 		 244 aa  95.5  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 		 388 aa  94.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 383 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 356 aa  91.7  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  28.37 
 
 		 349 aa  91.3  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.34 
 
 		 351 aa  88.6  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  30.42 
 
 		 376 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  31.3 
 
 		 380 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 360 aa  87  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  28.85 
 
 		 467 aa  85.5  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 361 aa  84  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.78 
 
 		 387 aa  84  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  23.55 
 
 		 372 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  25.67 
 
 		 383 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.5 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 434 aa  83.2  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  26.12 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.1 
 
 		 372 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 387 aa  82.8  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  24.71 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  27.05 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  30.05 
 
 		 377 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.14 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 		 352 aa  81.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  27.92 
 
 		 376 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.92 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.14 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.63 
 
 		 370 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  29.08 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.28 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.2 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.57 
 
 		 380 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 366 aa  80.1  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  27.41 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 360 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 360 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  22.69 
 
 		 368 aa  79.3  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 382 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 381 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 376 aa  79  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  27.64 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  23.57 
 
 		 372 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.5 
 
 		 375 aa  78.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 340 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 381 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.47 
 
 		 410 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.89 
 
 		 380 aa  77  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 		 376 aa  76.3  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.96 
 
 		 367 aa  76.6  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.79 
 
 		 353 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  25.77 
 
 		 348 aa  75.9  0.0000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 361 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 361 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  26.07 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27.78 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  23.92 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  33.05 
 
 		 412 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  28.05 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  24.9 
 
 		 404 aa  74.7  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  31.21 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  29.47 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  22.81 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>