More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3072 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3072  hypothetical protein  100 
 
 		 250 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5409  hypothetical protein  52.7 
 
 		 273 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1151  hypothetical protein  34.6 
 
 		 245 aa  149  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0419  membrane-fusion protein  38.6 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2054  secretion protein HlyD family protein  34.31 
 
 		 263 aa  138  7.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0370  hypothetical protein  34.15 
 
 		 274 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.131053  normal  0.52823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3738  HlyD family secretion protein  36.87 
 
 		 265 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0679  hypothetical protein  33.49 
 
 		 251 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0145  hypothetical protein  40 
 
 		 259 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0907  hypothetical protein  33.49 
 
 		 252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0668  hypothetical protein  37.09 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.013392 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0474  hypothetical protein  33.72 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0477  hypothetical protein  35 
 
 		 268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.371945  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0569  secretion protein HlyD family protein  32.68 
 
 		 267 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0388  hypothetical protein  34.43 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.338994  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0298  membrane-fusion protein-like protein  30.77 
 
 		 271 aa  108  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0863454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1671  AcrA-like protein  28.94 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0632111  normal  0.139381 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3183  AcrA-like protein  27.76 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.37 
 
 		 368 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.85 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4438  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.51 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  24.57 
 
 		 357 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 360 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 		 397 aa  72.8  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 403 aa  72.4  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 		 360 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 360 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0216385  normal  0.245234 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  28.43 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.54 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  28.19 
 
 		 406 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 418 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  23.86 
 
 		 349 aa  69.7  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  28.19 
 
 		 382 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.22 
 
 		 367 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.75 
 
 		 336 aa  69.7  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000138483  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.76 
 
 		 369 aa  68.9  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.37 
 
 		 372 aa  68.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 		 382 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  25 
 
 		 357 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  29.07 
 
 		 376 aa  68.2  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 384 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  22.67 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.36 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.89 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 403 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.67 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  28.23 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 351 aa  65.9  0.0000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 370 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 370 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 372 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  25.7 
 
 		 357 aa  64.7  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.83 
 
 		 376 aa  64.7  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  27.94 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.98 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  25.13 
 
 		 371 aa  64.3  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.25 
 
 		 375 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0621  secretion protein HlyD  23.43 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  28.16 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  25.62 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 364 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  26.85 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.85 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  25.25 
 
 		 376 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 354 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00325  cation efflux system protein  32.35 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888841  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1475  secretion protein HlyD  30.24 
 
 		 368 aa  62.8  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  26.2 
 
 		 380 aa  62.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  26.19 
 
 		 396 aa  62.4  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 367 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 370 aa  62.4  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 380 aa  62.4  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 363 aa  62.4  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0508  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 363 aa  62  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 361 aa  62  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>