More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5409 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5409  hypothetical protein  100 
 
 		 273 aa  540  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3072  hypothetical protein  52.7 
 
 		 250 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2054  secretion protein HlyD family protein  38.97 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0679  hypothetical protein  38.18 
 
 		 251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3738  HlyD family secretion protein  36.68 
 
 		 265 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0907  hypothetical protein  37.73 
 
 		 252 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1151  hypothetical protein  34.65 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0419  membrane-fusion protein  34.02 
 
 		 242 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0298  membrane-fusion protein-like protein  32.31 
 
 		 271 aa  125  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0863454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0370  hypothetical protein  35.44 
 
 		 274 aa  125  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.131053  normal  0.52823 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0668  hypothetical protein  35.98 
 
 		 260 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.013392 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0145  hypothetical protein  34.94 
 
 		 259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0474  hypothetical protein  32.23 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0569  secretion protein HlyD family protein  33.02 
 
 		 267 aa  108  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0477  hypothetical protein  32.03 
 
 		 268 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.371945  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1671  AcrA-like protein  28.77 
 
 		 242 aa  102  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0632111  normal  0.139381 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0388  hypothetical protein  32.55 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.338994  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 397 aa  86.3  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3183  AcrA-like protein  29.03 
 
 		 244 aa  86.3  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.59 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  28.57 
 
 		 371 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  25.49 
 
 		 357 aa  79.7  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 379 aa  79.7  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 417 aa  77  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 		 352 aa  76.6  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27.45 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000138483  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.5 
 
 		 357 aa  72.4  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 379 aa  72.4  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.53 
 
 		 381 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 372 aa  72  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  24.53 
 
 		 354 aa  72  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  28.93 
 
 		 377 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  25.38 
 
 		 360 aa  72  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 382 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  28.1 
 
 		 406 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  25.62 
 
 		 380 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  25.98 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  26.11 
 
 		 361 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  25.74 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 370 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 340 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 372 aa  69.3  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 373 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 370 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.83 
 
 		 388 aa  68.9  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 		 363 aa  68.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 		 363 aa  68.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  27.78 
 
 		 376 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.45 
 
 		 375 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.41 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 383 aa  67.8  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  27.94 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 		 331 aa  67.8  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5305  hypothetical protein  32.91 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.141224 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 360 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 360 aa  67  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 383 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 360 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3668  putative efflux protein  30.86 
 
 		 263 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 		 372 aa  66.6  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2051  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 364 aa  66.6  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0552963  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  26.44 
 
 		 369 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 		 387 aa  66.2  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  26.67 
 
 		 404 aa  66.2  0.0000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.25 
 
 		 349 aa  65.9  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 		 358 aa  65.9  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0717  hypothetical protein  30.25 
 
 		 257 aa  65.5  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369321  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 389 aa  65.5  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25.49 
 
 		 352 aa  65.5  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.18 
 
 		 377 aa  65.5  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 360 aa  64.7  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  28.42 
 
 		 382 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.1 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1792  putative efflux protein  30.25 
 
 		 266 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0000336857  normal  0.255323 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 378 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 		 355 aa  64.7  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>