More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3668 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3668  putative efflux protein  100 
 
 		 263 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1792  putative efflux protein  85.28 
 
 		 266 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0000336857  normal  0.255323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4312  hypothetical protein  81.4 
 
 		 267 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5305  hypothetical protein  73.31 
 
 		 258 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.141224 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0717  hypothetical protein  72.49 
 
 		 257 aa  356  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369321  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0456  secretion protein HlyD family protein  39.68 
 
 		 324 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.119386  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1719  secretion protein HlyD  31.17 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0706497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2440  secretion protein HlyD family protein  35.83 
 
 		 265 aa  142  8e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41732 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1084  HlyD family secretion protein  32.79 
 
 		 356 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.335201 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3131  secretion protein HlyD  34.25 
 
 		 344 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0978227  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4329  secretion protein HlyD family protein  29.1 
 
 		 327 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2925  secretion protein HlyD family protein  29.33 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  29.47 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  29.15 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0409  secretion protein HlyD  29.53 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0052  secretion protein HlyD family protein  29.97 
 
 		 324 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3691  secretion protein HlyD family protein  50 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1744  HlyD family secretion protein  46.92 
 
 		 321 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0223446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0402  HlyD family secretion protein  28.07 
 
 		 314 aa  125  8.000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0463  HlyD family secretion protein  28.07 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0055  secretion protein HlyD family protein  29.63 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0163  lipoprotein  31.1 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0904469  normal  0.961053 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4164  secretion protein HlyD family protein  49.19 
 
 		 320 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571077  normal  0.349969 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1342  HlyD family secretion protein  27.65 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  29.69 
 
 		 359 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3452  HlyD family secretion protein  47.37 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2707  secretion protein HlyD family protein  45.6 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0650452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4665  secretion protein HlyD family protein  29.02 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.267783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0350  secretion protein HlyD  42.28 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5057  secretion protein HlyD family protein  47.2 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1035  secretion protein HlyD  45.08 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.833081  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0506  secretion protein HlyD family protein  29.29 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0807  secretion protein HlyD family protein  26.48 
 
 		 310 aa  89.7  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5441  secretion protein HlyD  25.94 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649906 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 388 aa  83.2  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1082  putative ABC transport system, lipoprotein  24.83 
 
 		 302 aa  82  0.000000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  35.81 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0713  hypothetical protein  29.55 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0695  hypothetical protein  29.55 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  27.33 
 
 		 354 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 		 354 aa  78.6  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  30.46 
 
 		 369 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  29.53 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  26.38 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.13 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.05 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 390 aa  76.3  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.01 
 
 		 340 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1949  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 356 aa  75.9  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.262528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1152  secretion protein HlyD family protein  26.09 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.633173  normal  0.115972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1186  secretion protein HlyD family protein  26.09 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502575  normal  0.193359 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1291  secretion protein HlyD family protein  23.68 
 
 		 285 aa  75.5  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0717284  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  30.46 
 
 		 350 aa  75.9  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0178  secretion protein HlyD family protein  31.28 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.590801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0203  secretion protein HlyD family protein  31.28 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3791  secretion protein HlyD family protein  26.64 
 
 		 348 aa  74.7  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.884849 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0564  secretion protein HlyD family protein  26.42 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0499  secretion protein HlyD family protein  26.42 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5049  secretion protein HlyD family protein  31.28 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0199  secretion protein HlyD family protein  31.28 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.232672  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  28.02 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2861  secretion protein, HlyD family  24.6 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4233  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2482  secretion protein HlyD family protein  24.6 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  26.64 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  29.05 
 
 		 404 aa  74.3  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4281  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2951  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 365 aa  73.6  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4265  secretion protein HlyD family protein  25.93 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03337  predicted HlyD family secretion protein  24.08 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0227  secretion protein HlyD family protein  24.08 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2687  HlyD family secretion protein  23.38 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4832  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  24.08 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0748  secretion protein HlyD family protein  26.64 
 
 		 343 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0153902  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3686  MFP family transporter  24.08 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0228  secretion protein HlyD family protein  24.08 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03289  hypothetical protein  24.08 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 364 aa  72.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3776  MFP family transporter  24.08 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2179  secretion protein HlyD family protein  33.59 
 
 		 467 aa  72.4  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3620  HlyD family secretion protein  27.69 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.315743  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 344 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5460  RND family efflux transporter MFP subunit  29.31 
 
 		 337 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421002  normal  0.0498153 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0119  secretion protein HlyD family protein  26.74 
 
 		 287 aa  72  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.940377  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0907  hypothetical protein  28.93 
 
 		 252 aa  72  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 355 aa  71.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0737  hypothetical protein  35.9 
 
 		 190 aa  71.6  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3380  secretion protein HlyD  25.91 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00820812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 355 aa  71.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2370  secretion protein HlyD  27.39 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.972198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4421  secretion protein HlyD family protein  26.74 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3835  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  24.73 
 
 		 355 aa  72  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1169  secretion protein HlyD family protein  25.15 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.595909  decreased coverage  0.00058772 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  31.82 
 
 		 333 aa  72  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>