More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0178 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0178  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 291 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.590801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0199  secretion protein HlyD family protein  99.66 
 
 		 291 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.232672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5049  secretion protein HlyD family protein  99.31 
 
 		 291 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0203  secretion protein HlyD family protein  99.31 
 
 		 291 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0173  secretion protein HlyD  81.31 
 
 		 295 aa  490  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.992888  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3620  HlyD family secretion protein  82.93 
 
 		 294 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.315743  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3380  secretion protein HlyD  82.23 
 
 		 294 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00820812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5460  RND family efflux transporter MFP subunit  69.47 
 
 		 337 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421002  normal  0.0498153 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2614  aromatic acid efflux pump, membrane fusion protein  69.82 
 
 		 334 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6659  RND family efflux transporter MFP subunit  68.42 
 
 		 324 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6179  RND family efflux transporter MFP subunit  68.07 
 
 		 324 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5769  RND family efflux transporter MFP subunit  67.37 
 
 		 322 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7724  HlyD family secretion protein  68.06 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6013  RND family efflux transporter MFP subunit  67.72 
 
 		 331 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6625  efflux transporter, RND family, MFP subunit  68.42 
 
 		 336 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6150  RND family efflux transporter MFP subunit  68.42 
 
 		 323 aa  378  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.268318 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4791  putative secretion protein HlyD family  59.65 
 
 		 328 aa  331  8e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4082  secretion protein HlyD  63.53 
 
 		 294 aa  318  6e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.661784  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4009  secretion protein HlyD family protein  57.3 
 
 		 305 aa  316  3e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105692 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0238  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.88 
 
 		 315 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.187754 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0758  HlyD family secretion protein  48.26 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0191383  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2162  secretion protein HlyD family protein  52.45 
 
 		 291 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.876023  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3339  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.18 
 
 		 314 aa  279  5e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.647013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.56 
 
 		 316 aa  275  9e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0706  HlyD family secretion protein  48.26 
 
 		 288 aa  273  3e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.516634  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4935  RND family efflux transporter MFP subunit  48.43 
 
 		 316 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.659289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4866  RND family efflux transporter MFP subunit  52.73 
 
 		 317 aa  262  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.329255 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2909  multidrug resistance efflux pump  46.64 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3168  secretion protein HlyD family protein  48.75 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.279775  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3003  secretion protein HlyD family protein  46.69 
 
 		 288 aa  258  6e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104161  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2404  RND family efflux transporter MFP subunit  47.9 
 
 		 308 aa  256  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.416269 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4096  secretion protein HlyD  48.42 
 
 		 270 aa  255  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413596  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4276  secretion protein HlyD  46.55 
 
 		 297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0327554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2322  RND family efflux transporter MFP subunit  45.45 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.140996 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4318  secretion protein HlyD family protein  45.33 
 
 		 327 aa  249  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0869  secretion protein HlyD family protein  52.04 
 
 		 311 aa  242  5e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5690  HlyD family secretion protein  45.86 
 
 		 293 aa  242  5e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0642134  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2585  secretion protein HlyD  44.76 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.798515 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0109  FusE-MFP/HlyD family membrane protein  46.69 
 
 		 299 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0215  secretion protein HlyD  46.33 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.509726  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1991  secretion protein HlyD  45.61 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0781323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1169  secretion protein HlyD family protein  43.37 
 
 		 288 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.595909  decreased coverage  0.00058772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1152  secretion protein HlyD family protein  43.82 
 
 		 289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.633173  normal  0.115972 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3499  secretion protein HlyD family protein  42.49 
 
 		 325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2637  secretion protein HlyD family protein  47.35 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1810  secretion protein HlyD family protein  47.35 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.931488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1186  secretion protein HlyD family protein  43.82 
 
 		 289 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502575  normal  0.193359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4265  secretion protein HlyD family protein  43.77 
 
 		 288 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03980  HlyD family secretion protein  44.93 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.79966  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2681  secretion protein HlyD  42.25 
 
 		 289 aa  223  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879116  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1492  secretion protein HlyD family protein  42.76 
 
 		 284 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1063  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01614  undecaprenyl pyrophosphate phosphatase  40.29 
 
 		 285 aa  222  7e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.880107  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01604  hypothetical protein  40.29 
 
 		 285 aa  222  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.787651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1855  MFP family transporter  40.29 
 
 		 285 aa  222  7e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284898  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2255  secretion protein HlyD family protein  44.14 
 
 		 294 aa  221  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1996  secretion protein HlyD family protein  40.29 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000694745  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2985  secretion protein HlyD family protein  44.25 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.517253  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2212  secretion protein HlyD family protein  39.93 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.420088  hitchhiker  0.000529238 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1954  secretion protein HlyD  43.51 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1836  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  39.93 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.182346  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1554  MFP family transporter  40.29 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1985  secretion protein HlyD family protein  40.29 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.172504  hitchhiker  0.00138161 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1721  MFP family transporter  40.29 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.336288  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2356  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  39.93 
 
 		 285 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000721779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6854  HlyD family secretion protein  45.23 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1252  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.9 
 
 		 344 aa  219  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1803  secretion protein HlyD family protein  41.38 
 
 		 286 aa  218  8.999999999999998e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0117208 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1552  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  41.76 
 
 		 286 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1732  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  41.76 
 
 		 286 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0446824  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1539  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  41.76 
 
 		 286 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.338335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1901  P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit AaeA  41.41 
 
 		 286 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1612  P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit AaeA  41.41 
 
 		 286 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390919  normal  0.473839 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1266  secretion protein HlyD family protein  41.43 
 
 		 286 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.736705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4457  secretion protein HlyD family protein  41.67 
 
 		 286 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1048  secretion protein HlyD  42.49 
 
 		 286 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1399  secretion protein HlyD family protein  42.6 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4580  secretion protein HlyD family protein  41.67 
 
 		 286 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.404339  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1220  fusaric acid resistance protein, putative  42.49 
 
 		 286 aa  211  9e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0869  secretion protein HlyD family protein  43.59 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0119  secretion protein HlyD family protein  37.94 
 
 		 287 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.940377  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13560  hypothetical protein  42.59 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4281  secretion protein HlyD family protein  37.59 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1214  hypothetical protein  42.59 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4421  secretion protein HlyD family protein  37.23 
 
 		 287 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4233  secretion protein HlyD family protein  37.23 
 
 		 287 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1343  aromatic acid efflux system EmrA subfamily membrane fusion protein  45.02 
 
 		 291 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0427147  normal  0.910085 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0482  RND family efflux transporter MFP subunit  40.22 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.371708 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3556  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  40.55 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3557  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  40.55 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48350  hypothetical protein  42.59 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.707172  normal  0.103941 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2784  secretion protein HlyD family protein  43.38 
 
 		 292 aa  198  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.462456  normal  0.332105 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3725  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  40.55 
 
 		 310 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0948843 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3628  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  40.55 
 
 		 310 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0802422 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3663  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  40.55 
 
 		 310 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.915768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.58 
 
 		 358 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.487965  normal  0.852647 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1585  secretion protein HlyD family protein  43.64 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.295975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3430  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  39.18 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0941  secretion protein HlyD  42.58 
 
 		 287 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1291  secretion protein HlyD family protein  38.16 
 
 		 285 aa  196  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0717284  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0465  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  38.83 
 
 		 310 aa  195  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>