More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0668 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0668  hypothetical protein  100 
 
 		 260 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.013392 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0145  hypothetical protein  72.34 
 
 		 259 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0474  hypothetical protein  62.55 
 
 		 267 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0388  hypothetical protein  60.34 
 
 		 283 aa  261  4.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.338994  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0569  secretion protein HlyD family protein  61.28 
 
 		 267 aa  260  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0477  hypothetical protein  60.43 
 
 		 268 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.371945  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0298  membrane-fusion protein-like protein  35.38 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0863454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0907  hypothetical protein  38.22 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0679  hypothetical protein  38.22 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3738  HlyD family secretion protein  38.68 
 
 		 265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1151  hypothetical protein  37.09 
 
 		 245 aa  148  9e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1671  AcrA-like protein  35.16 
 
 		 242 aa  145  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0632111  normal  0.139381 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3183  AcrA-like protein  35.78 
 
 		 244 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2054  secretion protein HlyD family protein  33.85 
 
 		 263 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3072  hypothetical protein  37.09 
 
 		 250 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5409  hypothetical protein  35.98 
 
 		 273 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0419  membrane-fusion protein  32.68 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0370  hypothetical protein  34.13 
 
 		 274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.131053  normal  0.52823 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  31.51 
 
 		 370 aa  92.8  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.58 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.64 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.23 
 
 		 358 aa  79.7  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 361 aa  79  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  28.4 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 366 aa  76.6  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  30.13 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 369 aa  75.9  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  31.39 
 
 		 376 aa  75.9  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.57 
 
 		 380 aa  75.9  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  26.54 
 
 		 467 aa  75.5  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 383 aa  75.5  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  30.49 
 
 		 359 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  31.55 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.6 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 374 aa  74.3  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  25.12 
 
 		 357 aa  73.9  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  27.6 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.88 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  28 
 
 		 404 aa  72  0.000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  21.98 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  30.54 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 393 aa  70.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  26.07 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  27.44 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  28.1 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  24.44 
 
 		 357 aa  70.1  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.36 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 354 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.19 
 
 		 355 aa  69.3  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  23.89 
 
 		 376 aa  69.3  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 376 aa  69.3  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  24.75 
 
 		 373 aa  68.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  34.87 
 
 		 372 aa  69.3  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 360 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1668  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 409 aa  68.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.223118  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 367 aa  68.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 358 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 369 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  23.85 
 
 		 376 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 		 418 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 418 aa  68.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.7 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 388 aa  67.4  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 		 372 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1475  secretion protein HlyD  29.49 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  27.27 
 
 		 348 aa  67.4  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  29.72 
 
 		 360 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  23.04 
 
 		 352 aa  67  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 380 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.91 
 
 		 379 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 357 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  27.38 
 
 		 430 aa  66.2  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  27.1 
 
 		 397 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  27.59 
 
 		 366 aa  66.2  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  22.64 
 
 		 361 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  27.65 
 
 		 377 aa  65.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 405 aa  65.9  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 365 aa  64.3  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.14 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  27.15 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  22.43 
 
 		 360 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  22.43 
 
 		 360 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  25.59 
 
 		 415 aa  64.3  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  24.55 
 
 		 357 aa  63.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>