More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0474 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0474  hypothetical protein  100 
 
 		 267 aa  540  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0569  secretion protein HlyD family protein  87.27 
 
 		 267 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0388  hypothetical protein  73.31 
 
 		 283 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.338994  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0477  hypothetical protein  75 
 
 		 268 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.371945  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0145  hypothetical protein  64.81 
 
 		 259 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0668  hypothetical protein  62.55 
 
 		 260 aa  255  7e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.013392 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1671  AcrA-like protein  37.96 
 
 		 242 aa  161  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0632111  normal  0.139381 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0298  membrane-fusion protein-like protein  41.1 
 
 		 271 aa  158  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0863454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0679  hypothetical protein  37.18 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0907  hypothetical protein  36.75 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1151  hypothetical protein  39.44 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2054  secretion protein HlyD family protein  36.67 
 
 		 263 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3738  HlyD family secretion protein  36.36 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0419  membrane-fusion protein  38.57 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3183  AcrA-like protein  35 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3072  hypothetical protein  33.72 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0370  hypothetical protein  33.2 
 
 		 274 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.131053  normal  0.52823 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5409  hypothetical protein  32.77 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  31.08 
 
 		 376 aa  89  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 374 aa  87.4  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  31 
 
 		 358 aa  85.9  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 372 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 372 aa  82.4  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 376 aa  82  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  29.06 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  27 
 
 		 467 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  27.27 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 357 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.61 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 372 aa  76.6  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  27.69 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 388 aa  75.9  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  28.5 
 
 		 357 aa  75.5  0.0000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  26.89 
 
 		 376 aa  75.5  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.73 
 
 		 365 aa  73.9  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  28.44 
 
 		 397 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  24.54 
 
 		 404 aa  74.3  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 		 380 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.85 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  23.13 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1475  secretion protein HlyD  31.4 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 369 aa  73.2  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.92 
 
 		 367 aa  72.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 397 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  28.37 
 
 		 377 aa  72  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 376 aa  72  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  24.43 
 
 		 354 aa  72  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  27.96 
 
 		 397 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 		 390 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  26.03 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 		 520 aa  70.5  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  31.79 
 
 		 371 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 357 aa  71.2  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 368 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.88 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 378 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25 
 
 		 372 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  24.15 
 
 		 380 aa  68.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  27.46 
 
 		 403 aa  68.6  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  28.85 
 
 		 369 aa  68.9  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.91 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 361 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  22.85 
 
 		 372 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 358 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.73 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  24.39 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  26.34 
 
 		 352 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  26.47 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 356 aa  67.4  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  28.14 
 
 		 364 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.46 
 
 		 363 aa  67.4  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.05 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 372 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.46 
 
 		 363 aa  67.4  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 415 aa  67  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.88 
 
 		 386 aa  67  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0621  secretion protein HlyD  22.73 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 366 aa  66.6  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  29.37 
 
 		 422 aa  66.2  0.0000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>