More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2224 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  100 
 
 
388 aa  736    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  98.71 
 
 
388 aa  727    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  84.62 
 
 
390 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2795  RND family efflux transporter MFP subunit  42.23 
 
 
388 aa  289  5.0000000000000004e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  40.35 
 
 
375 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  43.58 
 
 
383 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2034  RND family efflux transporter MFP subunit  39.65 
 
 
403 aa  246  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  42.91 
 
 
383 aa  245  8e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 
403 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.82 
 
 
403 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0305  RND family efflux transporter MFP subunit  37.58 
 
 
378 aa  189  5.999999999999999e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  36.77 
 
 
328 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  34.59 
 
 
364 aa  156  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 
369 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 
369 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 
369 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 
372 aa  149  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  29.55 
 
 
369 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  32.02 
 
 
369 aa  149  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 
374 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  32.33 
 
 
370 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  31.72 
 
 
370 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  31.72 
 
 
373 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  34.1 
 
 
366 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 
392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  30.26 
 
 
380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 
381 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  32.07 
 
 
382 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  35.17 
 
 
354 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  26.9 
 
 
359 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  29.97 
 
 
415 aa  137  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.25 
 
 
415 aa  135  9e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  30.25 
 
 
415 aa  135  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  30.28 
 
 
455 aa  135  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  29.95 
 
 
415 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.607592 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  30.56 
 
 
415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  27.88 
 
 
352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  30.56 
 
 
415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  30.56 
 
 
415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  30.56 
 
 
415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  32.47 
 
 
382 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  28.82 
 
 
411 aa  133  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 
365 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 
361 aa  132  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  29.67 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 
361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 
417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 
370 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 
376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27.6 
 
 
369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  27.8 
 
 
372 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  28.05 
 
 
349 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 
360 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 
360 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  30.25 
 
 
354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  33.05 
 
 
360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  27.22 
 
 
372 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  32.63 
 
 
366 aa  127  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  28.12 
 
 
360 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  36.05 
 
 
340 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.14 
 
 
372 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  34.19 
 
 
382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  32.87 
 
 
360 aa  126  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 
360 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.45 
 
 
355 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 
365 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 
360 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 
360 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 
365 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.6 
 
 
360 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  29.86 
 
 
413 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 
372 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 
365 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 
365 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 
365 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 
365 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 
365 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 
360 aa  123  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  31.37 
 
 
365 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  26.57 
 
 
350 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 
372 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 
368 aa  123  7e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  26.46 
 
 
390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  31.75 
 
 
376 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.62 
 
 
367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  29.8 
 
 
413 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  29.71 
 
 
318 aa  119  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 
361 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  29.83 
 
 
413 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 
371 aa  119  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  29.39 
 
 
413 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 
370 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  32.2 
 
 
375 aa  118  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  29.8 
 
 
413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 
372 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 
371 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  29.51 
 
 
413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 
361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  31.23 
 
 
360 aa  116  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>