More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0139 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  100 
 
 		 356 aa  704    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  60.06 
 
 		 356 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  59.57 
 
 		 370 aa  410  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  56.78 
 
 		 362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  57.53 
 
 		 362 aa  393  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  37.69 
 
 		 387 aa  229  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 393 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  31.1 
 
 		 354 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 379 aa  114  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  30.56 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 405 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 376 aa  99.4  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 		 383 aa  97.8  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  27.21 
 
 		 348 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 397 aa  94.7  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  28.21 
 
 		 354 aa  94.4  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.15 
 
 		 373 aa  93.6  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 349 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  26.86 
 
 		 354 aa  94  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 349 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.14 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  25.57 
 
 		 367 aa  90.5  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.77 
 
 		 360 aa  90.1  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.77 
 
 		 360 aa  90.1  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.18 
 
 		 379 aa  90.1  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 365 aa  90.1  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 		 363 aa  90.1  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 366 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 366 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  25.56 
 
 		 372 aa  87.8  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  25.56 
 
 		 372 aa  87.8  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 377 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.75 
 
 		 357 aa  87.4  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  25.96 
 
 		 357 aa  87  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 358 aa  87  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 417 aa  86.7  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  28.13 
 
 		 364 aa  86.3  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 379 aa  85.9  9e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25.32 
 
 		 366 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.7 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  28.75 
 
 		 361 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 400 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 373 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.29 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.17 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  25.86 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.29 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  26.97 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.37 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.16 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  21.99 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  21.99 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  24.76 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 		 359 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  25.76 
 
 		 400 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.35 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  23.84 
 
 		 353 aa  80.5  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.71 
 
 		 407 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 358 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 		 351 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 386 aa  79.7  0.00000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  25.08 
 
 		 366 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  22.61 
 
 		 357 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  25.7 
 
 		 370 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  25.7 
 
 		 370 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  26.22 
 
 		 405 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 		 369 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 380 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 367 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  22.52 
 
 		 407 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.44 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  24.68 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.68 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  26.59 
 
 		 400 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  24.85 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  24.71 
 
 		 352 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 450 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.40893 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  23.93 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  27.49 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1916  putative efflux protein  26.6 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  27.3 
 
 		 358 aa  76.3  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.45 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  23.44 
 
 		 363 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  24.05 
 
 		 368 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  25.15 
 
 		 399 aa  75.5  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 369 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  23.91 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>