More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4768 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 362 aa  734    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  79.23 
 
 		 370 aa  580  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  75.57 
 
 		 356 aa  534  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  67.89 
 
 		 362 aa  484  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  58.58 
 
 		 356 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 387 aa  215  8e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  28.66 
 
 		 354 aa  120  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  28.07 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  28.33 
 
 		 361 aa  103  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 348 aa  92.8  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 435 aa  93.2  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 379 aa  92.4  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.41 
 
 		 383 aa  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  24.11 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 366 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 366 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25.14 
 
 		 366 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  23.33 
 
 		 360 aa  88.6  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.57 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.57 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  24.7 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 366 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  24.91 
 
 		 407 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  24.27 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.1 
 
 		 367 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.81 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  23.8 
 
 		 358 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 		 410 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  25.28 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.89 
 
 		 383 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  24.52 
 
 		 368 aa  80.9  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2879  hypothetical protein  25.08 
 
 		 355 aa  80.9  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 355 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  23.83 
 
 		 367 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 363 aa  80.1  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.08 
 
 		 361 aa  79.7  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.8 
 
 		 364 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.69 
 
 		 349 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  23.26 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 417 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.83 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  27.36 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  25.32 
 
 		 366 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  27.14 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  23.37 
 
 		 409 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 396 aa  77  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.82 
 
 		 373 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 		 516 aa  77  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.57 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3725  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 		 516 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.183704 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.71 
 
 		 367 aa  76.3  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  24.07 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.74 
 
 		 377 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.35 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  24.71 
 
 		 405 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  25.24 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.93 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  24.27 
 
 		 412 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.01 
 
 		 379 aa  75.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.62 
 
 		 388 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  23.16 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.31 
 
 		 400 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 372 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  23.46 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.99 
 
 		 397 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  23.18 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  27.3 
 
 		 376 aa  73.9  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  23.67 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  22.83 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  22.97 
 
 		 373 aa  73.9  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  22.97 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.46 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 410 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  23.57 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 409 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.56 
 
 		 358 aa  73.6  0.000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  22.8 
 
 		 374 aa  73.6  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  22.15 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  24.25 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.48 
 
 		 430 aa  72.8  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  23.62 
 
 		 410 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.34 
 
 		 376 aa  72.8  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 334 aa  72.8  0.000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  22.15 
 
 		 372 aa  72.8  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2356  secretion protein HlyD family protein  28.02 
 
 		 293 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  24.11 
 
 		 409 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  22.64 
 
 		 411 aa  72.8  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  24.48 
 
 		 361 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2397  secretion protein HlyD family protein  27.59 
 
 		 289 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.689244  normal  0.456873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 361 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.69 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1916  putative efflux protein  24.42 
 
 		 370 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>