More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0045 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 356 aa  707    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  75.57 
 
 		 362 aa  534  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  80 
 
 		 370 aa  530  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  67.04 
 
 		 362 aa  482  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  59.94 
 
 		 356 aa  411  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 387 aa  212  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 		 354 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 349 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 		 349 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 		 349 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.28 
 
 		 379 aa  100  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  28.61 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  26.69 
 
 		 407 aa  93.2  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.69 
 
 		 407 aa  92.8  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.65 
 
 		 349 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 361 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 388 aa  90.1  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.99 
 
 		 383 aa  90.1  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 366 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  29.06 
 
 		 396 aa  89.4  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.95 
 
 		 366 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  30.13 
 
 		 370 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.65 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.65 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 405 aa  86.7  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  25.85 
 
 		 405 aa  86.7  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2879  hypothetical protein  25.97 
 
 		 355 aa  86.3  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 366 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  22.98 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 		 397 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 410 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 392 aa  84  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 430 aa  82.8  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  27.9 
 
 		 417 aa  82.8  0.000000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 405 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.61 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 363 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  25.38 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.64 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.8 
 
 		 349 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 396 aa  80.1  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.68 
 
 		 402 aa  80.1  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 		 377 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  24.52 
 
 		 352 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  23.17 
 
 		 374 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.72 
 
 		 374 aa  79.7  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 462 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 462 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  26.49 
 
 		 363 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.35 
 
 		 379 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  25.89 
 
 		 368 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  24.35 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  22.94 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  23.38 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 376 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.65 
 
 		 442 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  23.31 
 
 		 369 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.86 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  24.77 
 
 		 390 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.86 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 363 aa  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  23.7 
 
 		 409 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 363 aa  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  23.97 
 
 		 366 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1861  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 370 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.680929  hitchhiker  0.00126667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2117  RND family efflux transporter MFP subunit  25.98 
 
 		 370 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  24.77 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  22.63 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  25.75 
 
 		 407 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 364 aa  76.6  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.8 
 
 		 374 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  23.77 
 
 		 435 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  24.13 
 
 		 372 aa  76.3  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.46 
 
 		 349 aa  75.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  24.51 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  24.45 
 
 		 352 aa  75.9  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  21.93 
 
 		 338 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.81 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  23 
 
 		 372 aa  74.7  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 373 aa  75.1  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.55 
 
 		 356 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  23 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.96 
 
 		 361 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  25.63 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  24.32 
 
 		 354 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 358 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  24.11 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  25.75 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 		 358 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>