More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3429 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  100 
 
 		 362 aa  723    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  72.57 
 
 		 370 aa  498  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  67.89 
 
 		 362 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  67.04 
 
 		 356 aa  482  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  58.18 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  39.25 
 
 		 387 aa  242  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  31.4 
 
 		 393 aa  166  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  30.12 
 
 		 354 aa  126  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  28.61 
 
 		 396 aa  92.4  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  26.45 
 
 		 361 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 		 379 aa  91.7  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 		 348 aa  87  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 		 435 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  22.88 
 
 		 407 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.1 
 
 		 407 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.83 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.83 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 355 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27.42 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  26.76 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 		 376 aa  79.3  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  23.01 
 
 		 409 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  22.62 
 
 		 410 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  26.45 
 
 		 361 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 373 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.88 
 
 		 379 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 		 356 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.27 
 
 		 376 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  26.47 
 
 		 357 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  24.63 
 
 		 349 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 349 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 417 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 349 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 405 aa  74.3  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  23.98 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  25.21 
 
 		 358 aa  72.8  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.64 
 
 		 367 aa  72.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5174  RND efflux transporter  26.89 
 
 		 355 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 374 aa  72  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 424 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  24.61 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  24.05 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  25.77 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 358 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  23.32 
 
 		 374 aa  70.5  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  22.28 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2356  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  23.67 
 
 		 342 aa  70.1  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 361 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.857117  normal  0.0828727 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0305  RND family efflux transporter MFP subunit  23.37 
 
 		 378 aa  69.7  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  25.24 
 
 		 366 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.2 
 
 		 356 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 366 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  22.48 
 
 		 354 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  23.48 
 
 		 354 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 		 355 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2397  secretion protein HlyD family protein  28.14 
 
 		 289 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.689244  normal  0.456873 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  25.27 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.56 
 
 		 352 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.8 
 
 		 430 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 		 371 aa  68.6  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2674  secretion protein HlyD family protein  28.14 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0130408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5081  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 355 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.167851  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  22.97 
 
 		 352 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.94 
 
 		 409 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.376199  normal  0.100184 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  22.92 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.54 
 
 		 349 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.85 
 
 		 388 aa  67.8  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  22.61 
 
 		 359 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 393 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.02 
 
 		 432 aa  67.8  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3225  RND family efflux transporter MFP subunit  24.05 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376119  normal  0.122741 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4292  RND family efflux transporter MFP subunit  24.05 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  24.27 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 383 aa  67  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  23.28 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2008  RND efflux system membrane fusion protein  23.89 
 
 		 446 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0541376  normal  0.0158749 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  24.87 
 
 		 383 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0141  membrane fusion protein  26.96 
 
 		 317 aa  67  0.0000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 405 aa  67  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  22.48 
 
 		 358 aa  67  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4074  secretion protein HlyD  24.05 
 
 		 392 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  23.48 
 
 		 365 aa  66.6  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.46 
 
 		 367 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  23.27 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.61 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.71 
 
 		 390 aa  66.2  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  23.85 
 
 		 357 aa  66.2  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>