More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0836 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 363 aa  728    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  37.85 
 
 		 361 aa  216  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 365 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6350  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.36 
 
 		 447 aa  110  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 366 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.57 
 
 		 373 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  29.72 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.05 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  27.02 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  28.79 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.66 
 
 		 377 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.27 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  26.37 
 
 		 406 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.29 
 
 		 349 aa  99  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 361 aa  99  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  28.61 
 
 		 370 aa  99  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 		 372 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 		 360 aa  97.4  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  25.68 
 
 		 361 aa  97.8  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  24.52 
 
 		 372 aa  96.7  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  22.46 
 
 		 379 aa  96.7  5e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 382 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  27.32 
 
 		 396 aa  96.7  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 373 aa  96.7  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 372 aa  96.3  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.2 
 
 		 370 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.2 
 
 		 356 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 		 381 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 376 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.05 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  23.8 
 
 		 385 aa  94  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  26.76 
 
 		 376 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  26.52 
 
 		 360 aa  93.6  4e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 		 360 aa  93.2  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.74 
 
 		 368 aa  93.2  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.72 
 
 		 380 aa  92.8  8e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  26.5 
 
 		 405 aa  92.8  8e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 		 361 aa  92.4  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 374 aa  92.8  9e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  25 
 
 		 392 aa  92.4  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0766  HlyD family secretion protein  27.7 
 
 		 392 aa  92.4  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.76 
 
 		 361 aa  92.4  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 		 387 aa  91.3  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  26.59 
 
 		 411 aa  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  24.16 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 412 aa  91.3  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  27.22 
 
 		 370 aa  91.3  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  26.59 
 
 		 411 aa  90.9  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 360 aa  90.9  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 360 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.02 
 
 		 416 aa  90.5  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.26 
 
 		 375 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  27.15 
 
 		 431 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 407 aa  90.1  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  26.84 
 
 		 356 aa  90.5  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  28 
 
 		 374 aa  90.1  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  26.14 
 
 		 352 aa  89.7  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  23.95 
 
 		 361 aa  89.7  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 427 aa  89.4  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  25.72 
 
 		 380 aa  89.4  8e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0816  HlyD family secretion protein  27.89 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  24.49 
 
 		 351 aa  89.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  24.32 
 
 		 374 aa  89  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.49 
 
 		 356 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  26.19 
 
 		 382 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  25.48 
 
 		 399 aa  88.6  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  25.82 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 393 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0374  Multidrug resistance efflux pump-like protein  27.39 
 
 		 271 aa  88.2  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0800097  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  23.19 
 
 		 469 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 366 aa  87.8  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2029  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.91 
 
 		 378 aa  87.4  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.109803  hitchhiker  0.00040221 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  22.61 
 
 		 387 aa  87.4  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.86 
 
 		 368 aa  87  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  25 
 
 		 368 aa  87  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 348 aa  87  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.24 
 
 		 351 aa  87  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  24.02 
 
 		 360 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  24.02 
 
 		 360 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.26 
 
 		 399 aa  86.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 368 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  25.96 
 
 		 372 aa  86.3  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  23.86 
 
 		 379 aa  86.3  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  24.02 
 
 		 360 aa  86.3  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  23.54 
 
 		 407 aa  86.3  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 365 aa  85.9  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0318  secretion protein HlyD family protein  27 
 
 		 271 aa  85.9  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.844809  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.51 
 
 		 379 aa  85.5  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>