More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0487 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 360 aa  731    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.92 
 
 		 361 aa  478  1e-134  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  64.51 
 
 		 363 aa  476  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  61 
 
 		 360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  62 
 
 		 360 aa  447  1e-125  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.6 
 
 		 360 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.56 
 
 		 368 aa  377  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 401 aa  115  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.04 
 
 		 380 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  26.95 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  28.01 
 
 		 338 aa  109  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  27.87 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  24.81 
 
 		 426 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.95 
 
 		 367 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 420 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 374 aa  103  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  28 
 
 		 357 aa  103  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  28 
 
 		 357 aa  103  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 354 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 421 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  25.06 
 
 		 421 aa  99.8  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  31.39 
 
 		 343 aa  99.8  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  24.59 
 
 		 389 aa  99.4  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  26.22 
 
 		 366 aa  99.4  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  25 
 
 		 424 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 		 363 aa  97.4  3e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  24.47 
 
 		 407 aa  97.8  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.35 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  23.86 
 
 		 459 aa  97.1  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3749  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 340 aa  96.3  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 476 aa  96.3  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 402 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.28 
 
 		 413 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.06 
 
 		 390 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  27.08 
 
 		 348 aa  94.4  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  24.35 
 
 		 404 aa  94.4  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  26.26 
 
 		 373 aa  94.4  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  22.9 
 
 		 368 aa  94  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 340 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.47 
 
 		 368 aa  93.2  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.56 
 
 		 400 aa  92.8  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 414 aa  92.8  8e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  25.14 
 
 		 369 aa  92.4  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.33 
 
 		 354 aa  92.8  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.65 
 
 		 351 aa  92.4  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.09 
 
 		 388 aa  92  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  26.45 
 
 		 357 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 357 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.434682  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.66 
 
 		 349 aa  92.4  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 		 390 aa  91.3  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  25.24 
 
 		 392 aa  92  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.88 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 351 aa  91.3  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  27.33 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  23.62 
 
 		 376 aa  91.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  23.7 
 
 		 404 aa  91.3  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 		 429 aa  90.5  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  23.97 
 
 		 392 aa  90.5  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 		 362 aa  90.5  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.13 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  25.9 
 
 		 360 aa  90.1  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  25.35 
 
 		 410 aa  90.1  6e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0961  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 389 aa  89.7  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.348921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  26.42 
 
 		 388 aa  89.7  7e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0207  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 400 aa  89.4  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000100142 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  25.36 
 
 		 382 aa  89.7  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  25.34 
 
 		 383 aa  89.4  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  24.56 
 
 		 418 aa  89.4  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 355 aa  89  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0972  secretion protein HlyD  25.69 
 
 		 353 aa  89.4  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  27.79 
 
 		 382 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  26.45 
 
 		 380 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  27.49 
 
 		 406 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 389 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 408 aa  88.2  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  28.31 
 
 		 356 aa  87.4  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.26 
 
 		 428 aa  87.8  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 429 aa  87.4  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  26.18 
 
 		 405 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.85 
 
 		 377 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 369 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 409 aa  86.7  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  26.3 
 
 		 408 aa  86.7  6e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.28 
 
 		 407 aa  86.7  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 		 393 aa  86.7  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  22.67 
 
 		 416 aa  86.7  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 369 aa  86.3  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  25.57 
 
 		 383 aa  86.7  7e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 379 aa  86.3  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  28.65 
 
 		 354 aa  86.3  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  24.5 
 
 		 366 aa  86.3  8e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.77 
 
 		 453 aa  85.9  9e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  24.19 
 
 		 434 aa  85.9  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  26.76 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>