More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4376 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 370 aa  740    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  80.05 
 
 		 362 aa  591  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  76.07 
 
 		 356 aa  534  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  72.57 
 
 		 362 aa  499  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  61.08 
 
 		 356 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  32.96 
 
 		 387 aa  215  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1962  RND family efflux transporter MFP subunit  28.85 
 
 		 393 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1474  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 354 aa  116  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0567853  normal  0.0481881 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  28.41 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  28.74 
 
 		 396 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  24.92 
 
 		 407 aa  96.3  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.24 
 
 		 407 aa  96.3  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 383 aa  95.9  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 410 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 379 aa  93.2  6e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  26.36 
 
 		 435 aa  93.2  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 366 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.45 
 
 		 366 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25 
 
 		 366 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 366 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.27 
 
 		 360 aa  87.8  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  24.7 
 
 		 409 aa  87.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.27 
 
 		 360 aa  87.8  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.73 
 
 		 376 aa  87  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  25.08 
 
 		 367 aa  86.7  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.73 
 
 		 386 aa  86.7  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.15 
 
 		 388 aa  85.9  9e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  24.57 
 
 		 357 aa  85.9  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  24.67 
 
 		 348 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  25.73 
 
 		 359 aa  84.7  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  25.61 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0112  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4428  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 		 349 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  23.3 
 
 		 367 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  22.8 
 
 		 360 aa  84  0.000000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 		 358 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 		 363 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  27.68 
 
 		 417 aa  82.8  0.000000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.21 
 
 		 373 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.53 
 
 		 349 aa  82.4  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 355 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  24.51 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.36 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  22.98 
 
 		 367 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.3 
 
 		 372 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.51 
 
 		 397 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.26 
 
 		 354 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  25.89 
 
 		 407 aa  79.7  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  22.03 
 
 		 338 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.94 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  23.03 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  23.65 
 
 		 372 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  25.61 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  24.11 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.17 
 
 		 400 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  23.34 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  22.74 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3710  RND family efflux transporter MFP subunit  23.21 
 
 		 410 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  22.74 
 
 		 372 aa  76.6  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 417 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  24.8 
 
 		 358 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  24.39 
 
 		 357 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 363 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4188  RND family efflux transporter MFP subunit  23.42 
 
 		 410 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0941549  normal  0.890181 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  24.09 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  27.4 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1727  HlyD family secretion protein  23.94 
 
 		 409 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.31 
 
 		 379 aa  75.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  23.7 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4313  RND family efflux transporter MFP subunit  23.33 
 
 		 409 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.583259 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 371 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  25 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  24.36 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 363 aa  75.9  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.04 
 
 		 349 aa  75.1  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  23.75 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  23.8 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.49 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  26.71 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.36 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.36 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  24.18 
 
 		 387 aa  74.7  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  23.35 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  25.45 
 
 		 390 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.27 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  25.15 
 
 		 368 aa  74.3  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  23.38 
 
 		 365 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 396 aa  74.7  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0174041 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 		 389 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  24.93 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0257  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 		 376 aa  73.9  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0635655  hitchhiker  0.00588714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.16 
 
 		 356 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>