More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3024 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  100 
 
 		 363 aa  700    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  41.49 
 
 		 392 aa  194  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.24 
 
 		 410 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  39.56 
 
 		 383 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  40.97 
 
 		 378 aa  182  9.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  38.07 
 
 		 391 aa  182  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  40.92 
 
 		 396 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  37.38 
 
 		 386 aa  176  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  37.17 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.17 
 
 		 390 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  37.2 
 
 		 351 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  40.58 
 
 		 367 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  38.94 
 
 		 362 aa  170  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  37.2 
 
 		 394 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.39 
 
 		 357 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  38.76 
 
 		 375 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 413 aa  149  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 		 413 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.92 
 
 		 413 aa  146  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.35 
 
 		 413 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  30.24 
 
 		 395 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.29 
 
 		 379 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.29 
 
 		 379 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  35.73 
 
 		 1405 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.69 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  33.01 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  32.68 
 
 		 404 aa  125  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  33.91 
 
 		 427 aa  123  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  32.39 
 
 		 391 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 364 aa  122  9e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  30.32 
 
 		 377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 397 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 390 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 393 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 402 aa  116  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 409 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 402 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  32 
 
 		 386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.82 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  30.15 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.15 
 
 		 354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  30.15 
 
 		 354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  31.68 
 
 		 609 aa  113  4.0000000000000004e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 357 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.21 
 
 		 396 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 		 358 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 408 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  31.55 
 
 		 378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  31.8 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  29.87 
 
 		 349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.8 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 354 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 		 385 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 		 396 aa  109  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  30.37 
 
 		 426 aa  109  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 		 396 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  28.32 
 
 		 376 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  28.94 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.48 
 
 		 377 aa  106  7e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.97 
 
 		 349 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.44 
 
 		 360 aa  105  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  29.57 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  30.03 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 383 aa  104  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 360 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  28.66 
 
 		 360 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 366 aa  103  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  30.12 
 
 		 390 aa  102  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.69 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  27.73 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  28 
 
 		 352 aa  101  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.35 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  29.85 
 
 		 409 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  27.73 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.95 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 354 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  29.97 
 
 		 350 aa  99.8  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 414 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.98 
 
 		 367 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  29.91 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.53 
 
 		 380 aa  98.6  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 		 343 aa  98.6  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 359 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  28.65 
 
 		 374 aa  97.8  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.86 
 
 		 383 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 		 376 aa  96.7  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 392 aa  96.3  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 355 aa  96.3  8e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  28.44 
 
 		 365 aa  96.3  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>