More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4105 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  100 
 
 		 383 aa  753    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  59.53 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  62.2 
 
 		 391 aa  372  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  59.14 
 
 		 396 aa  364  1e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  61.16 
 
 		 390 aa  351  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.47 
 
 		 390 aa  351  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  59.82 
 
 		 394 aa  343  4e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.8 
 
 		 410 aa  341  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  56.16 
 
 		 378 aa  333  4e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  55.52 
 
 		 362 aa  323  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.35 
 
 		 379 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.35 
 
 		 379 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  45.87 
 
 		 377 aa  282  8.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  49.72 
 
 		 1405 aa  278  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  48.3 
 
 		 413 aa  276  5e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  42.82 
 
 		 367 aa  268  8e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.55 
 
 		 371 aa  262  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.65 
 
 		 357 aa  255  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  45.21 
 
 		 375 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  40.82 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  33.07 
 
 		 440 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  39.34 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  39.56 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 442 aa  169  8e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  36.73 
 
 		 427 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  33.7 
 
 		 378 aa  160  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 395 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  35.25 
 
 		 391 aa  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  31.51 
 
 		 426 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 		 413 aa  143  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.05 
 
 		 413 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.88 
 
 		 413 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  32.85 
 
 		 427 aa  133  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  33.64 
 
 		 404 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  31.73 
 
 		 358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.42 
 
 		 396 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 402 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 409 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 		 402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 		 396 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.73 
 
 		 414 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  33.83 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  31 
 
 		 609 aa  124  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  33.83 
 
 		 408 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  34.34 
 
 		 390 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  34.34 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.55 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  28.9 
 
 		 347 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.28 
 
 		 396 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.99 
 
 		 396 aa  112  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 		 387 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  28.92 
 
 		 409 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  28.75 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.12 
 
 		 380 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  36.27 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  33.12 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  28.15 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 358 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 358 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 354 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  30.42 
 
 		 398 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 389 aa  103  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 354 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 		 354 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  30.36 
 
 		 467 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 472 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.14 
 
 		 356 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  31.55 
 
 		 478 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 478 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.22 
 
 		 383 aa  100  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 		 354 aa  100  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 357 aa  100  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 349 aa  99  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 364 aa  97.8  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  31.8 
 
 		 396 aa  97.8  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 405 aa  97.4  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.72 
 
 		 455 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 		 366 aa  97.4  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 369 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 376 aa  97.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 376 aa  96.7  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  29.38 
 
 		 354 aa  96.7  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 361 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.68 
 
 		 364 aa  96.7  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 		 388 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.36 
 
 		 356 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 		 369 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 421 aa  96.3  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.49 
 
 		 377 aa  96.3  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7211  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 419 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.39 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.81 
 
 		 367 aa  95.9  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  31.15 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.43 
 
 		 385 aa  95.9  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.82 
 
 		 355 aa  94.4  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>