More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0251 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0251  efflux transporter  100 
 
 		 383 aa  725    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1310  secretion protein HlyD  40.11 
 
 		 379 aa  202  9e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.673983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 371 aa  180  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  32.02 
 
 		 370 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2973  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 368 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.388324  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 370 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2987  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 368 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.331807  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3131  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.419387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1390  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.13 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 374 aa  166  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.23 
 
 		 379 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 		 375 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  31.78 
 
 		 370 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 373 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 		 373 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  30.51 
 
 		 374 aa  157  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 373 aa  157  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 373 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  29.21 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4736  secretion protein HlyD  29.11 
 
 		 510 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.325985  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1593  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 631 aa  99.8  7e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351482  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 		 374 aa  95.1  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1063  hypothetical protein  39.76 
 
 		 262 aa  95.1  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  33.23 
 
 		 361 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  29.02 
 
 		 365 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.53 
 
 		 356 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 352 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 365 aa  87.8  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  27.27 
 
 		 368 aa  87  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  23.76 
 
 		 369 aa  87  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 372 aa  86.3  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 435 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  25.9 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.08 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1081  secretion protein HlyD  29.4 
 
 		 374 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.157732  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  25.79 
 
 		 357 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1555  secretion protein HlyD  28.54 
 
 		 394 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  27.37 
 
 		 462 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 389 aa  82  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 		 402 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.14 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 417 aa  80.5  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  27.76 
 
 		 523 aa  80.1  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  31.19 
 
 		 396 aa  80.1  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  25.75 
 
 		 367 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 455 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  27.62 
 
 		 368 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  29.62 
 
 		 402 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 418 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.28 
 
 		 395 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 364 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.96 
 
 		 383 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2568  secretion protein HlyD  29.39 
 
 		 412 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4222  secretion protein HlyD  30.21 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.163749 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 376 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.57 
 
 		 367 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4074  secretion protein HlyD  29.84 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 		 371 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2752  RND family efflux transporter MFP subunit  30.49 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0188  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 369 aa  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 		 366 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0653  RND family efflux transporter MFP subunit  35.56 
 
 		 409 aa  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.356164  normal  0.176029 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1475  secretion protein HlyD  31.75 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.1 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  28.99 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  29.68 
 
 		 405 aa  77  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  27.8 
 
 		 381 aa  76.6  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.14 
 
 		 388 aa  76.6  0.0000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 347 aa  76.3  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4902  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  27.74 
 
 		 354 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  25 
 
 		 353 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2178  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.7 
 
 		 371 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  30.71 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.71 
 
 		 438 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.38 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 		 379 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  28.06 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  26.9 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  26.04 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 355 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527133 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 387 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.64 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1316  secretion protein HlyD  34.71 
 
 		 501 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 361 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.38 
 
 		 438 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.49 
 
 		 397 aa  73.9  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2144  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  28.39 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1418  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  28.48 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  27.55 
 
 		 473 aa  73.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3170  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  28.39 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585728  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1643  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  28.39 
 
 		 414 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0226554  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 		 387 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  26.3 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2583  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 411 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.47 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>