More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2568 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2568  secretion protein HlyD  100 
 
 		 412 aa  827    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3304  efflux transporter, RND family, MFP subunit  78.02 
 
 		 414 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  49.61 
 
 		 435 aa  371  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.96 
 
 		 398 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.14 
 
 		 398 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4789  RND family efflux transporter MFP subunit  50.68 
 
 		 392 aa  344  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  43.01 
 
 		 389 aa  280  3e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  40.73 
 
 		 430 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.39 
 
 		 436 aa  256  3e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.62 
 
 		 404 aa  256  6e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  37.89 
 
 		 387 aa  256  7e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2581  hypothetical protein  38.04 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2435  hypothetical protein  38.32 
 
 		 384 aa  244  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  38.32 
 
 		 393 aa  239  9e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0629  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.86 
 
 		 414 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00302597 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.85 
 
 		 430 aa  222  8e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1665  secretion protein HlyD  37.87 
 
 		 398 aa  208  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.454837  normal  0.558289 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  34.36 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0869  RND family efflux transporter MFP subunit  35.44 
 
 		 352 aa  197  4.0000000000000005e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  35.83 
 
 		 393 aa  196  6e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.74 
 
 		 369 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  32.36 
 
 		 428 aa  194  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  34.13 
 
 		 418 aa  194  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  36.08 
 
 		 405 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  36.08 
 
 		 405 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  36.08 
 
 		 405 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 		 427 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 405 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 405 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  35.25 
 
 		 405 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.72 
 
 		 424 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  33.07 
 
 		 399 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.71 
 
 		 416 aa  189  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  32.39 
 
 		 382 aa  189  7e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  34.23 
 
 		 408 aa  188  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  33.14 
 
 		 418 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  35.05 
 
 		 406 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  35.05 
 
 		 406 aa  187  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  35.05 
 
 		 406 aa  187  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 		 409 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 		 409 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  35.05 
 
 		 409 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2192  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 408 aa  186  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  30.77 
 
 		 406 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 		 418 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  31.47 
 
 		 387 aa  184  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  34.56 
 
 		 409 aa  184  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  34.32 
 
 		 385 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1939  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 418 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0238209  hitchhiker  0.000755342 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 412 aa  182  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2037  RND family efflux transporter MFP subunit  32.7 
 
 		 418 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.421969  normal  0.135437 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  34.33 
 
 		 422 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  32.3 
 
 		 391 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  35.16 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  35.17 
 
 		 378 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  32.11 
 
 		 412 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  31.2 
 
 		 415 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  35.42 
 
 		 400 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1992  secretion protein HlyD family protein  32.3 
 
 		 418 aa  180  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125579  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.11 
 
 		 412 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  32.11 
 
 		 412 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 406 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  32.51 
 
 		 399 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 		 416 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  34.07 
 
 		 380 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  32.11 
 
 		 412 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  31.56 
 
 		 414 aa  179  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  34.27 
 
 		 394 aa  178  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 		 384 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  33.97 
 
 		 387 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.28 
 
 		 392 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  34.85 
 
 		 396 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  32.31 
 
 		 429 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.55 
 
 		 408 aa  178  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  33.15 
 
 		 408 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 412 aa  177  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.06 
 
 		 422 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 412 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 412 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  32.01 
 
 		 396 aa  177  4e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  32.31 
 
 		 399 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.65 
 
 		 396 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  33.33 
 
 		 408 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  33.74 
 
 		 408 aa  176  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2140  RND family efflux transporter MFP subunit  30.93 
 
 		 393 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0391  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  32.87 
 
 		 408 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000301381 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.2 
 
 		 419 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  32.23 
 
 		 396 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  32.51 
 
 		 428 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.88 
 
 		 435 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1624  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.33 
 
 		 385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.000143743  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  31.81 
 
 		 476 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.05 
 
 		 408 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.35 
 
 		 396 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  33.9 
 
 		 411 aa  174  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  31.39 
 
 		 410 aa  173  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  32.47 
 
 		 391 aa  172  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 		 388 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>