More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1665 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1665  secretion protein HlyD  100 
 
 		 398 aa  810    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.454837  normal  0.558289 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  50.93 
 
 		 387 aa  338  8e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  43.43 
 
 		 389 aa  280  3e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  42.86 
 
 		 430 aa  268  1e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.68 
 
 		 398 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4789  RND family efflux transporter MFP subunit  44.99 
 
 		 392 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.98 
 
 		 404 aa  249  5e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  40.58 
 
 		 435 aa  249  7e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0629  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.81 
 
 		 414 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00302597 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  41.19 
 
 		 393 aa  246  6e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.47 
 
 		 398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2435  hypothetical protein  38.17 
 
 		 384 aa  235  8e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2581  hypothetical protein  37.9 
 
 		 384 aa  235  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.87 
 
 		 436 aa  234  2.0000000000000002e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  39.52 
 
 		 371 aa  227  3e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2568  secretion protein HlyD  38.08 
 
 		 412 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  35.98 
 
 		 406 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2293  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.27 
 
 		 430 aa  213  5.999999999999999e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.5 
 
 		 392 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  34.47 
 
 		 382 aa  209  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3304  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.43 
 
 		 414 aa  206  7e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  35.88 
 
 		 385 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.05 
 
 		 377 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  34.43 
 
 		 371 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  36.52 
 
 		 365 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  34.52 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  34.33 
 
 		 387 aa  192  9e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  35.41 
 
 		 368 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 396 aa  190  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  35.26 
 
 		 381 aa  190  5e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.26 
 
 		 381 aa  190  5e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.47 
 
 		 391 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.52 
 
 		 369 aa  189  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  33.82 
 
 		 414 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0869  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  34.65 
 
 		 388 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 417 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  35.85 
 
 		 399 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  34.4 
 
 		 384 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  35.59 
 
 		 399 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 424 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 416 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.45 
 
 		 381 aa  183  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  34.5 
 
 		 399 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  35.59 
 
 		 429 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 409 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  33.52 
 
 		 406 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  33.52 
 
 		 406 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 409 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  33.52 
 
 		 406 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  33.7 
 
 		 412 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  32.88 
 
 		 411 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  32.08 
 
 		 412 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  33.15 
 
 		 410 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  32.51 
 
 		 408 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  33.52 
 
 		 409 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  32.72 
 
 		 405 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  32.72 
 
 		 405 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  32.72 
 
 		 405 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  32.72 
 
 		 405 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 392 aa  179  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  32.87 
 
 		 372 aa  179  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  33.43 
 
 		 418 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  33.14 
 
 		 396 aa  178  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.73 
 
 		 396 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  34.33 
 
 		 412 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 412 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  34.57 
 
 		 400 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.73 
 
 		 396 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 399 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  34.24 
 
 		 391 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2464  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.83 
 
 		 390 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.29 
 
 		 413 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 413 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  32.16 
 
 		 418 aa  173  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  33.43 
 
 		 438 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 396 aa  173  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.91 
 
 		 379 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.87 
 
 		 408 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  30.81 
 
 		 428 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  32.17 
 
 		 373 aa  172  6.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  32.5 
 
 		 391 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  31.64 
 
 		 414 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  33.06 
 
 		 368 aa  172  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  32.55 
 
 		 413 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  31.02 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  32.48 
 
 		 408 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.34 
 
 		 373 aa  171  2e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  30.83 
 
 		 476 aa  171  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  31.47 
 
 		 413 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.13 
 
 		 436 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  34.46 
 
 		 413 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.13 
 
 		 436 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  33.62 
 
 		 408 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 413 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 427 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>