More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6009 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 356 aa  719    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.29 
 
 		 347 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.29 
 
 		 356 aa  249  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0508  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1536  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 367 aa  163  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  34.3 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  31.31 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  30.2 
 
 		 357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  30.24 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.63 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  27.27 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 		 377 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.35 
 
 		 367 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 		 354 aa  104  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  30.38 
 
 		 381 aa  103  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.05 
 
 		 367 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  28.74 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  28.18 
 
 		 353 aa  100  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 379 aa  99.8  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 353 aa  99.8  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 393 aa  99.8  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  24.71 
 
 		 376 aa  99.4  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  26.69 
 
 		 369 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13031  membrane fusion protein  24.5 
 
 		 353 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.560639  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  25.53 
 
 		 384 aa  96.7  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5033  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 340 aa  96.7  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1235  secretion protein HlyD  24.56 
 
 		 353 aa  96.3  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.681968  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 		 360 aa  95.1  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 359 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 358 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 358 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.02 
 
 		 360 aa  95.1  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  23.69 
 
 		 354 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 		 363 aa  95.1  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.91 
 
 		 364 aa  94.7  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 		 363 aa  95.1  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 416 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.39 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13141  membrane fusion protein  23.96 
 
 		 353 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  28.2 
 
 		 405 aa  94.4  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  27.15 
 
 		 388 aa  94  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 409 aa  94.4  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  27.58 
 
 		 523 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 376 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 386 aa  94  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.39 
 
 		 354 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13281  membrane fusion protein  23.96 
 
 		 353 aa  94  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.403546  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 366 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 355 aa  93.6  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 397 aa  93.6  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  25.58 
 
 		 354 aa  93.2  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  27.54 
 
 		 435 aa  93.2  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  25.57 
 
 		 432 aa  93.2  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 366 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 		 360 aa  93.2  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 		 360 aa  93.2  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  26.99 
 
 		 366 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  25.57 
 
 		 372 aa  92.8  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 354 aa  92.8  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 357 aa  92.8  9e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.99 
 
 		 366 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 354 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 		 350 aa  91.7  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.84 
 
 		 349 aa  91.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3255  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 388 aa  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  29.34 
 
 		 421 aa  90.9  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.73 
 
 		 379 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  29.97 
 
 		 378 aa  90.1  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 379 aa  90.1  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.05 
 
 		 365 aa  89.7  6e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  26.87 
 
 		 363 aa  89.7  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 390 aa  89.7  6e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.04 
 
 		 388 aa  89.7  7e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 345 aa  89.7  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  29.14 
 
 		 402 aa  89.4  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  26.14 
 
 		 360 aa  89.4  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1936  transporter, putative  26.81 
 
 		 349 aa  89  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.84 
 
 		 352 aa  89.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1749  secretion protein HlyD  28.17 
 
 		 398 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  25 
 
 		 357 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 404 aa  89  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 370 aa  89  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  28.2 
 
 		 418 aa  88.2  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 374 aa  88.2  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  26.32 
 
 		 359 aa  88.2  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 		 405 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  26.32 
 
 		 372 aa  88.6  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.84 
 
 		 418 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  23.67 
 
 		 405 aa  87.4  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>