More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3430 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3430  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 376 aa  748    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.516107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.51 
 
 		 375 aa  464  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.37122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1476  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.35 
 
 		 366 aa  299  6e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142053  normal  0.195363 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.22 
 
 		 368 aa  297  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  38.86 
 
 		 371 aa  267  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  34.02 
 
 		 401 aa  207  2e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 		 397 aa  126  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  28.71 
 
 		 351 aa  115  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  26.35 
 
 		 349 aa  113  7.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 376 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  27.8 
 
 		 380 aa  109  9.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  24.17 
 
 		 365 aa  106  7e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 		 354 aa  106  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.36 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 410 aa  104  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 427 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 428 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  27.41 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  26.95 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 		 400 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 350 aa  99.8  8e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  27.99 
 
 		 418 aa  98.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  28.91 
 
 		 423 aa  97.8  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 392 aa  98.2  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 357 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 363 aa  98.6  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 363 aa  98.6  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  27.74 
 
 		 398 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.92 
 
 		 388 aa  97.8  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 		 360 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  27.41 
 
 		 357 aa  96.3  9e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 353 aa  95.5  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.24 
 
 		 362 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 345 aa  94.4  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.38 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.36 
 
 		 362 aa  94.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 352 aa  94  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 360 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  26.52 
 
 		 399 aa  93.6  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 424 aa  93.2  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 		 379 aa  93.2  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 		 379 aa  93.2  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 404 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  22.98 
 
 		 376 aa  92.8  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 371 aa  92  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.91 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.19 
 
 		 353 aa  92.4  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.91 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  24.03 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 365 aa  91.3  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  24.08 
 
 		 361 aa  90.9  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  24.45 
 
 		 360 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  24.45 
 
 		 360 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27 
 
 		 367 aa  90.1  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 374 aa  90.1  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.68 
 
 		 353 aa  90.1  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  24.15 
 
 		 360 aa  90.1  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 374 aa  90.1  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  26.04 
 
 		 404 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 340 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.96 
 
 		 356 aa  89.7  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 419 aa  89.7  7e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  26.04 
 
 		 404 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.65 
 
 		 349 aa  89.4  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.32 
 
 		 365 aa  89  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.6 
 
 		 371 aa  89.4  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 349 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  22.63 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  21.86 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.15 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 421 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  24.18 
 
 		 368 aa  88.2  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  23.05 
 
 		 368 aa  88.6  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  23.64 
 
 		 380 aa  88.6  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  22.84 
 
 		 415 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  23.53 
 
 		 382 aa  87.8  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  23.78 
 
 		 368 aa  87.4  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 366 aa  87.8  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.36 
 
 		 416 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1044  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 361 aa  87.8  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0011899  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  24.21 
 
 		 424 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  24.15 
 
 		 365 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  24.57 
 
 		 370 aa  86.7  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.48 
 
 		 424 aa  86.3  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336631 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  24.36 
 
 		 467 aa  86.3  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 379 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  24.35 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.33 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  23.05 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  25.77 
 
 		 416 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  23.79 
 
 		 370 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 416 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.57 
 
 		 419 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>