More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2043 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  93.81 
 
 		 404 aa  691    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  93.32 
 
 		 404 aa  714    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 404 aa  799    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  66.83 
 
 		 416 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  66.83 
 
 		 416 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  66.83 
 
 		 416 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  66.83 
 
 		 416 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  61.88 
 
 		 422 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  62.3 
 
 		 424 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  62.62 
 
 		 397 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  59.35 
 
 		 421 aa  413  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  60.64 
 
 		 484 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  60.64 
 
 		 484 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  50 
 
 		 407 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  54.42 
 
 		 401 aa  372  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  54.62 
 
 		 538 aa  371  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  54.15 
 
 		 459 aa  360  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  51.6 
 
 		 456 aa  357  2.9999999999999997e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  51.88 
 
 		 520 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  51.88 
 
 		 520 aa  356  3.9999999999999996e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.8 
 
 		 433 aa  342  8e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  53.49 
 
 		 491 aa  342  9e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  51.35 
 
 		 416 aa  341  1e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  53.2 
 
 		 489 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  52.91 
 
 		 489 aa  338  7e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  52.91 
 
 		 489 aa  338  7e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  52.62 
 
 		 488 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  52.51 
 
 		 484 aa  334  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  53.1 
 
 		 489 aa  328  9e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  53.1 
 
 		 489 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  53.1 
 
 		 489 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  53.1 
 
 		 489 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  53.39 
 
 		 516 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  53.1 
 
 		 489 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  53.1 
 
 		 489 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  54.41 
 
 		 491 aa  327  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  54.82 
 
 		 404 aa  319  6e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  48.56 
 
 		 503 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.51 
 
 		 531 aa  295  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  44.99 
 
 		 410 aa  295  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  43.02 
 
 		 502 aa  289  6e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  42.56 
 
 		 400 aa  279  8e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  42 
 
 		 509 aa  278  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  36.9 
 
 		 459 aa  239  4e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.15 
 
 		 454 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.11 
 
 		 457 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.47 
 
 		 457 aa  225  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.47 
 
 		 427 aa  204  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  34.7 
 
 		 459 aa  202  9e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.87 
 
 		 454 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  32.85 
 
 		 410 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  40.92 
 
 		 389 aa  196  6e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.04 
 
 		 428 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  35.76 
 
 		 399 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  34.65 
 
 		 424 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  34.84 
 
 		 398 aa  189  8e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  33.18 
 
 		 423 aa  188  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.16 
 
 		 459 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 400 aa  179  7e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  35.24 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  35.33 
 
 		 399 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.54 
 
 		 424 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  38.51 
 
 		 387 aa  170  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  30.49 
 
 		 418 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  35.91 
 
 		 456 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.52 
 
 		 587 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.81 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  39.79 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  39.06 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  32.02 
 
 		 385 aa  140  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.95 
 
 		 331 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  38.95 
 
 		 318 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  37.37 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.27 
 
 		 376 aa  136  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  37.74 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  30.29 
 
 		 399 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  31.13 
 
 		 384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  36.84 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  33.97 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  36.84 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.84 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 		 329 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2732  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0844309  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  38.04 
 
 		 313 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  34.77 
 
 		 530 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.93 
 
 		 420 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3957  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.8 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  28.98 
 
 		 529 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1239  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 451 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  35.08 
 
 		 418 aa  123  6e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 362 aa  122  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  33.9 
 
 		 371 aa  122  8e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6209  membrane fusion protein cluster 2  28.33 
 
 		 395 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.0698846 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1812  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.36 
 
 		 512 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  26.78 
 
 		 388 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>