More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3647 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  100 
 
 		 318 aa  634    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  71 
 
 		 331 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  70.12 
 
 		 328 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.39 
 
 		 330 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  71.9 
 
 		 331 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  67.82 
 
 		 316 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  61.89 
 
 		 315 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  63.94 
 
 		 329 aa  374  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  55.52 
 
 		 329 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  57 
 
 		 327 aa  342  5.999999999999999e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  58.36 
 
 		 330 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  52.12 
 
 		 330 aa  325  8.000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  41.39 
 
 		 417 aa  220  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  39.19 
 
 		 418 aa  210  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  39.07 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3370  RND family efflux transporter MFP subunit  39.8 
 
 		 368 aa  202  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.948815  normal  0.259543 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  37.59 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08530  efflux system component, RND family  36.4 
 
 		 419 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104956  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  46.27 
 
 		 459 aa  168  9e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  43.5 
 
 		 503 aa  161  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  40.1 
 
 		 509 aa  156  4e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  32.68 
 
 		 409 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0226  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  32.97 
 
 		 348 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3767  Fis family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 368 aa  151  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  37.88 
 
 		 502 aa  149  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1969  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  32.03 
 
 		 339 aa  148  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.166615  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  30.85 
 
 		 432 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.44 
 
 		 531 aa  146  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  42.63 
 
 		 421 aa  146  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.82 
 
 		 457 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  37.27 
 
 		 416 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.7 
 
 		 457 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  40.1 
 
 		 424 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  37.37 
 
 		 397 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  41.05 
 
 		 422 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  28.7 
 
 		 441 aa  142  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0386  hypothetical protein  32.74 
 
 		 408 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  39.41 
 
 		 459 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1956  hypothetical protein  33.73 
 
 		 358 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0111518  normal  0.309858 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.2 
 
 		 454 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  38.95 
 
 		 404 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00373  HelB protein  32.61 
 
 		 410 aa  139  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  38.42 
 
 		 404 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  38.42 
 
 		 404 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 		 416 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  37.06 
 
 		 520 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  37.63 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  37.06 
 
 		 520 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  37.37 
 
 		 416 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 		 416 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 		 416 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  38.86 
 
 		 516 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.14 
 
 		 433 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  38.34 
 
 		 489 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  38.34 
 
 		 489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  38.34 
 
 		 489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  38.34 
 
 		 489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  37.82 
 
 		 489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  38.34 
 
 		 489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.3 
 
 		 454 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3996  secretion protein HlyD  30.51 
 
 		 414 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  36.79 
 
 		 489 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00306  Secretion protein HlyD  29.07 
 
 		 412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  36.79 
 
 		 491 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1958  putative RND efflux system protein, MFP subunit  26.98 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  36.27 
 
 		 489 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  35.12 
 
 		 484 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  36.27 
 
 		 489 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  37.63 
 
 		 488 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  34.2 
 
 		 407 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2030  biotin/lipoyl attachment  29.18 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.359501  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  33.68 
 
 		 459 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  34.54 
 
 		 400 aa  123  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  34.63 
 
 		 484 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  36.51 
 
 		 491 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  38.66 
 
 		 404 aa  122  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  35.23 
 
 		 410 aa  122  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  34.02 
 
 		 456 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 		 538 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  34.74 
 
 		 484 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  27.53 
 
 		 415 aa  116  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4385  secretion protein HlyD  30.88 
 
 		 414 aa  116  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.3317 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.79 
 
 		 427 aa  116  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.79 
 
 		 428 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.64 
 
 		 456 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  27.08 
 
 		 423 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  40.53 
 
 		 399 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  25.47 
 
 		 424 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  34.2 
 
 		 410 aa  106  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.8 
 
 		 465 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  31.66 
 
 		 468 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02028  putative RND efflux system protein, MFP subunit  29.48 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.692018  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  37.43 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  30.85 
 
 		 472 aa  102  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 466 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  29.92 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  34.01 
 
 		 399 aa  100  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  28.85 
 
 		 322 aa  100  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.46 
 
 		 400 aa  99  9e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  31.77 
 
 		 418 aa  98.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>