More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1888 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  100 
 
 		 399 aa  780    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.77 
 
 		 457 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.44 
 
 		 454 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.12 
 
 		 457 aa  300  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.71 
 
 		 454 aa  291  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  46.74 
 
 		 459 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  38.04 
 
 		 502 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  34.43 
 
 		 400 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 404 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  36.18 
 
 		 404 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  37.18 
 
 		 421 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  36.78 
 
 		 422 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  36.78 
 
 		 416 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  36.78 
 
 		 416 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  36.78 
 
 		 416 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  36.13 
 
 		 509 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  36.78 
 
 		 416 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  37.96 
 
 		 459 aa  190  5e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  34.96 
 
 		 424 aa  186  7e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  35.26 
 
 		 503 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  35.34 
 
 		 404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  34.77 
 
 		 484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  35.14 
 
 		 459 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  35.65 
 
 		 520 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  35.65 
 
 		 520 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 489 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 491 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  34.47 
 
 		 489 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  34.47 
 
 		 489 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  33.99 
 
 		 538 aa  176  9e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  33.9 
 
 		 488 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  35.24 
 
 		 516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  37.15 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  34.96 
 
 		 489 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  34.96 
 
 		 489 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  34.96 
 
 		 489 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  34.96 
 
 		 489 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  34.96 
 
 		 489 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  32.05 
 
 		 401 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  34.96 
 
 		 407 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  36.52 
 
 		 404 aa  172  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  34.67 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  32.76 
 
 		 456 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  34.27 
 
 		 399 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  33.71 
 
 		 410 aa  167  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  35.71 
 
 		 491 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  32.82 
 
 		 416 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.13 
 
 		 433 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  33.43 
 
 		 484 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  31.04 
 
 		 398 aa  160  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  34.04 
 
 		 484 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  37.06 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  31.71 
 
 		 399 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.29 
 
 		 531 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  36.63 
 
 		 389 aa  147  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  38.49 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 427 aa  144  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  32.71 
 
 		 418 aa  143  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.48 
 
 		 428 aa  142  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 		 410 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  31.99 
 
 		 423 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  30.75 
 
 		 424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  40.53 
 
 		 329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  32.59 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  30.37 
 
 		 390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0905036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  35.41 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  40.53 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.13 
 
 		 460 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.95 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.25 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.25 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  32.65 
 
 		 344 aa  122  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  31.76 
 
 		 451 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  37.89 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  37.89 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 472 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  29.77 
 
 		 466 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.74 
 
 		 330 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 468 aa  119  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.43 
 
 		 424 aa  119  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  38.74 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 		 455 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.44 
 
 		 587 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.89 
 
 		 459 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  33.85 
 
 		 417 aa  116  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 		 329 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  33.96 
 
 		 316 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  36.41 
 
 		 313 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 		 465 aa  113  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.65 
 
 		 671 aa  113  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.47 
 
 		 456 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6209  membrane fusion protein cluster 2  29.43 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.0698846 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  28.53 
 
 		 388 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  30.57 
 
 		 537 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  33.67 
 
 		 418 aa  110  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 402 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>