More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1940 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  95.79 
 
 		 427 aa  779    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 428 aa  845    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  74.19 
 
 		 410 aa  616  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  72.49 
 
 		 424 aa  597  1e-169  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  71.99 
 
 		 423 aa  568  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  67.92 
 
 		 418 aa  555  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.05 
 
 		 400 aa  514  1e-144  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  45.45 
 
 		 398 aa  256  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  44.2 
 
 		 399 aa  250  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  34.86 
 
 		 520 aa  199  9e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  34.86 
 
 		 520 aa  199  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  34.18 
 
 		 456 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 404 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  34.52 
 
 		 422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 459 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  38.36 
 
 		 538 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  34.23 
 
 		 424 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  37.28 
 
 		 503 aa  197  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  35.71 
 
 		 484 aa  196  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 404 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  38.42 
 
 		 404 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 401 aa  196  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.02 
 
 		 433 aa  193  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  35.43 
 
 		 484 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.96 
 
 		 587 aa  192  8e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  34.6 
 
 		 459 aa  192  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  34.55 
 
 		 407 aa  190  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  34.93 
 
 		 502 aa  190  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.21 
 
 		 454 aa  189  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 416 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  36.61 
 
 		 456 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  36.29 
 
 		 416 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 416 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 416 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 		 416 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  33.76 
 
 		 459 aa  182  8.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.57 
 
 		 424 aa  182  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  38.05 
 
 		 397 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  34.83 
 
 		 410 aa  179  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 400 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  33.82 
 
 		 509 aa  177  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  35.98 
 
 		 489 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  36.25 
 
 		 491 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  35.67 
 
 		 491 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  36.28 
 
 		 402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  35.67 
 
 		 489 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  35.67 
 
 		 489 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 421 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.82 
 
 		 457 aa  173  5e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  35.37 
 
 		 488 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.36 
 
 		 376 aa  170  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  35.54 
 
 		 516 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  35.24 
 
 		 489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  35.24 
 
 		 489 aa  167  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  35.24 
 
 		 489 aa  167  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  35.24 
 
 		 489 aa  167  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  35.24 
 
 		 489 aa  167  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  34.29 
 
 		 537 aa  166  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  34.94 
 
 		 489 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  34.77 
 
 		 484 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.9 
 
 		 531 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.4 
 
 		 454 aa  163  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  31.9 
 
 		 379 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  32.92 
 
 		 388 aa  161  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  35.61 
 
 		 404 aa  159  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  34.57 
 
 		 546 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.9 
 
 		 457 aa  158  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  31.99 
 
 		 383 aa  158  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  31.78 
 
 		 459 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  35.21 
 
 		 382 aa  157  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  32.29 
 
 		 344 aa  156  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2732  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 361 aa  155  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0844309  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  30.77 
 
 		 385 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 		 537 aa  153  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  31.17 
 
 		 368 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  34.94 
 
 		 375 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  32.26 
 
 		 371 aa  152  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  33.43 
 
 		 504 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  30.09 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.2 
 
 		 526 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  32.64 
 
 		 422 aa  151  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.91 
 
 		 568 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  29.78 
 
 		 382 aa  150  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2746  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.46 
 
 		 366 aa  149  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  29.28 
 
 		 390 aa  149  7e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  30.29 
 
 		 403 aa  149  8e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.44 
 
 		 359 aa  149  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.65 
 
 		 362 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  33.75 
 
 		 540 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.65 
 
 		 460 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 399 aa  147  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  33.44 
 
 		 455 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 406 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 406 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  30.61 
 
 		 466 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 472 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  35.14 
 
 		 530 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.88 
 
 		 512 aa  146  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  32.87 
 
 		 405 aa  146  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  32.95 
 
 		 527 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>