More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3556 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 433 aa  869    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  62.53 
 
 		 416 aa  479  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  68.12 
 
 		 538 aa  476  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  54.72 
 
 		 459 aa  452  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  54.98 
 
 		 407 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  55.1 
 
 		 456 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  61.92 
 
 		 520 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  61.92 
 
 		 520 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  54.11 
 
 		 401 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  58.16 
 
 		 489 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  58.46 
 
 		 489 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  58.16 
 
 		 489 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  58.46 
 
 		 491 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  52.79 
 
 		 503 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  56.12 
 
 		 484 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  57.57 
 
 		 488 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  58.21 
 
 		 516 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  51.68 
 
 		 422 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  57.91 
 
 		 489 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  57.91 
 
 		 489 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  57.31 
 
 		 489 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  57.91 
 
 		 489 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  57.91 
 
 		 489 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  57.91 
 
 		 489 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  54.52 
 
 		 484 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  50 
 
 		 424 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  53.64 
 
 		 484 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  56.34 
 
 		 404 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  52.46 
 
 		 404 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  53.28 
 
 		 404 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  55.99 
 
 		 491 aa  362  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  53.3 
 
 		 404 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  53.82 
 
 		 416 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  53.82 
 
 		 416 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  53.82 
 
 		 416 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  53.53 
 
 		 416 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.74 
 
 		 531 aa  345  8.999999999999999e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  53.28 
 
 		 397 aa  344  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  47.09 
 
 		 410 aa  328  9e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  45.81 
 
 		 509 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  44.08 
 
 		 421 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  46.63 
 
 		 502 aa  312  6.999999999999999e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  45 
 
 		 400 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  35.13 
 
 		 459 aa  238  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.71 
 
 		 454 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.09 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.62 
 
 		 427 aa  206  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  33.41 
 
 		 423 aa  206  8e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.04 
 
 		 454 aa  200  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.63 
 
 		 457 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  32.63 
 
 		 410 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  32.27 
 
 		 424 aa  200  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.79 
 
 		 400 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.35 
 
 		 428 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 398 aa  194  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  34.41 
 
 		 399 aa  194  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  32.99 
 
 		 459 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  31.9 
 
 		 418 aa  179  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.93 
 
 		 459 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  36.45 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  32.54 
 
 		 399 aa  157  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  36.06 
 
 		 456 aa  154  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 399 aa  153  5e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  33.62 
 
 		 387 aa  143  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  31.49 
 
 		 435 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.56 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 424 aa  140  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.36 
 
 		 587 aa  139  8.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  36.14 
 
 		 329 aa  137  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  36.92 
 
 		 327 aa  136  9e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  36.45 
 
 		 330 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  35.53 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  36.82 
 
 		 330 aa  134  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  34.7 
 
 		 329 aa  133  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.03 
 
 		 376 aa  133  7.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  32.41 
 
 		 402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  35.64 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.65 
 
 		 330 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  32.51 
 
 		 389 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  36.14 
 
 		 318 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  27.93 
 
 		 388 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.09 
 
 		 359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  34.43 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  29.62 
 
 		 433 aa  126  8.000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  28.62 
 
 		 384 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  28.79 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  29.13 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  28.9 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 		 455 aa  124  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 472 aa  123  8e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  31.92 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3370  RND family efflux transporter MFP subunit  35 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.948815  normal  0.259543 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1342  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.754197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  30.72 
 
 		 375 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  32.52 
 
 		 530 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  32.43 
 
 		 371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  29.69 
 
 		 466 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1812  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 		 364 aa  119  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  31.53 
 
 		 418 aa  119  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>