More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1328 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  100 
 
 		 503 aa  1016    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.38 
 
 		 531 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  53.65 
 
 		 509 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  46.47 
 
 		 538 aa  457  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  45.58 
 
 		 520 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  45.58 
 
 		 520 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  48.53 
 
 		 488 aa  413  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  44.89 
 
 		 491 aa  411  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  47.63 
 
 		 489 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  47.63 
 
 		 489 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  47.63 
 
 		 489 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  59.3 
 
 		 410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  47.97 
 
 		 489 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  45.91 
 
 		 484 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  47.86 
 
 		 489 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  47.86 
 
 		 489 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  47.86 
 
 		 489 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  48.08 
 
 		 516 aa  398  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  47.86 
 
 		 489 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  47.86 
 
 		 489 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  54.12 
 
 		 401 aa  395  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  41.22 
 
 		 502 aa  387  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  54.55 
 
 		 407 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  47.6 
 
 		 491 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  53.87 
 
 		 459 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  54.55 
 
 		 416 aa  378  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  53.3 
 
 		 456 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.01 
 
 		 433 aa  368  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  42.98 
 
 		 484 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  43.05 
 
 		 484 aa  351  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  52.94 
 
 		 404 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  48.98 
 
 		 404 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  48.98 
 
 		 404 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  49.12 
 
 		 422 aa  316  7e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  48.68 
 
 		 416 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  48.68 
 
 		 416 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  48.68 
 
 		 416 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  47.51 
 
 		 424 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  48.39 
 
 		 416 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  49.41 
 
 		 404 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  44.67 
 
 		 400 aa  305  9.000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  52.55 
 
 		 397 aa  299  7e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  45.09 
 
 		 421 aa  279  7e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  37.32 
 
 		 459 aa  232  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.57 
 
 		 454 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.46 
 
 		 457 aa  209  8e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.32 
 
 		 457 aa  207  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.37 
 
 		 454 aa  199  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  36.36 
 
 		 423 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.28 
 
 		 428 aa  197  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 459 aa  195  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.11 
 
 		 427 aa  194  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  35.71 
 
 		 424 aa  192  8e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.79 
 
 		 400 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  34.2 
 
 		 410 aa  186  9e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.9 
 
 		 459 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  35.14 
 
 		 418 aa  183  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  47.6 
 
 		 327 aa  179  8e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  32.35 
 
 		 398 aa  176  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  31.2 
 
 		 399 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  47.18 
 
 		 330 aa  171  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.79 
 
 		 330 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  46.91 
 
 		 330 aa  170  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  35.26 
 
 		 399 aa  169  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.33 
 
 		 331 aa  166  9e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  44.72 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  42.79 
 
 		 328 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 456 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  43.28 
 
 		 318 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  43.3 
 
 		 329 aa  160  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  41.75 
 
 		 331 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  37.82 
 
 		 308 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  42.78 
 
 		 417 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  38.29 
 
 		 409 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  36.31 
 
 		 382 aa  155  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  37.97 
 
 		 387 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  35.04 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 399 aa  154  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  35.53 
 
 		 316 aa  152  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08530  efflux system component, RND family  38.86 
 
 		 419 aa  151  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  41.24 
 
 		 329 aa  150  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  32.57 
 
 		 384 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  34.28 
 
 		 389 aa  147  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.81 
 
 		 376 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1956  hypothetical protein  39.23 
 
 		 358 aa  143  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0111518  normal  0.309858 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.95 
 
 		 587 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  29.66 
 
 		 388 aa  141  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.68 
 
 		 359 aa  140  6e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  36.79 
 
 		 313 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2746  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  32.71 
 
 		 385 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1958  putative RND efflux system protein, MFP subunit  35 
 
 		 338 aa  136  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.97 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3767  Fis family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  32.66 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0905036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1812  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.6 
 
 		 364 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4385  secretion protein HlyD  37.36 
 
 		 414 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.3317 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  32.57 
 
 		 441 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.38 
 
 		 424 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  32.06 
 
 		 432 aa  128  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>