More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1956 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1956  hypothetical protein  100 
 
 		 358 aa  731    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0111518  normal  0.309858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1969  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  53.96 
 
 		 339 aa  299  6e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.166615  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3767  Fis family transcriptional regulator  53.76 
 
 		 368 aa  297  2e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0226  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  53.65 
 
 		 348 aa  296  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2030  biotin/lipoyl attachment  45.55 
 
 		 312 aa  249  6e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.359501  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0386  hypothetical protein  39.82 
 
 		 408 aa  218  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1958  putative RND efflux system protein, MFP subunit  32.39 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00373  HelB protein  35.82 
 
 		 410 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02028  putative RND efflux system protein, MFP subunit  41.67 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.692018  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  38.97 
 
 		 415 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  38.24 
 
 		 418 aa  180  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3996  secretion protein HlyD  39.63 
 
 		 414 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  34.39 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  35.29 
 
 		 417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  34.01 
 
 		 441 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  34.75 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08530  efflux system component, RND family  36.4 
 
 		 419 aa  168  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104956  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3370  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.948815  normal  0.259543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  30.48 
 
 		 409 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.11 
 
 		 331 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.55 
 
 		 330 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  32.54 
 
 		 432 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  34.32 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4385  secretion protein HlyD  36.67 
 
 		 414 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.3317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  34.62 
 
 		 331 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  34.56 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  34.55 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00306  Secretion protein HlyD  35.19 
 
 		 412 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  35.14 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  32.16 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  39.23 
 
 		 503 aa  144  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  34.11 
 
 		 329 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  32.21 
 
 		 329 aa  140  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  29.68 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  28.89 
 
 		 316 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  36.23 
 
 		 459 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  36.55 
 
 		 509 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  35.2 
 
 		 401 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.32 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  33.84 
 
 		 502 aa  114  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 		 454 aa  109  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  35.26 
 
 		 491 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  35.57 
 
 		 410 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  34.52 
 
 		 404 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 489 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 		 491 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  32.99 
 
 		 488 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 489 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 489 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  30.96 
 
 		 407 aa  105  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.71 
 
 		 531 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 416 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  30.77 
 
 		 400 aa  104  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  30.57 
 
 		 459 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  32.63 
 
 		 416 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  32.63 
 
 		 416 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  32.63 
 
 		 416 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  29.95 
 
 		 520 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  29.95 
 
 		 520 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  34.47 
 
 		 484 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.12 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  32.63 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.84 
 
 		 454 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 538 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  30.93 
 
 		 456 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  33.5 
 
 		 484 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  29.89 
 
 		 322 aa  96.7  6e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  29.47 
 
 		 422 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  28.95 
 
 		 424 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.36 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  31.25 
 
 		 484 aa  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  31.44 
 
 		 489 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  31.44 
 
 		 489 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  31.44 
 
 		 489 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  31.44 
 
 		 489 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 433 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  31.44 
 
 		 516 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  31.05 
 
 		 397 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  30.93 
 
 		 489 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  30.93 
 
 		 489 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  31.77 
 
 		 389 aa  89.7  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 404 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  28.42 
 
 		 404 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 404 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 421 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  27.01 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 459 aa  84  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 530 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  32.46 
 
 		 393 aa  79.7  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  24.37 
 
 		 491 aa  79  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  28.27 
 
 		 424 aa  77  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 		 424 aa  76.6  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 428 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  27.78 
 
 		 398 aa  76.3  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  28.28 
 
 		 399 aa  76.3  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  27.6 
 
 		 418 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6209  membrane fusion protein cluster 2  29.19 
 
 		 395 aa  76.3  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.0698846 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  26.7 
 
 		 423 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3427  cation efflux system protein cusB precursor  25.95 
 
 		 474 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>