277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2030 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2030  biotin/lipoyl attachment  100 
 
 		 312 aa  642    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.359501  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02028  putative RND efflux system protein, MFP subunit  50.38 
 
 		 317 aa  286  4e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.692018  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1956  hypothetical protein  46.01 
 
 		 358 aa  243  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0111518  normal  0.309858 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3767  Fis family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 368 aa  225  6e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0386  hypothetical protein  42.14 
 
 		 408 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1969  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  41.44 
 
 		 339 aa  209  7e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.166615  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0226  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  41.44 
 
 		 348 aa  207  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1958  putative RND efflux system protein, MFP subunit  39.53 
 
 		 338 aa  203  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00373  HelB protein  34.8 
 
 		 410 aa  182  8.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  35.17 
 
 		 409 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08530  efflux system component, RND family  37.08 
 
 		 419 aa  166  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104956  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  37.28 
 
 		 415 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4385  secretion protein HlyD  35.58 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.3317 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3996  secretion protein HlyD  34.21 
 
 		 414 aa  149  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  30.11 
 
 		 417 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  32.23 
 
 		 418 aa  138  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  30.36 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00306  Secretion protein HlyD  32.83 
 
 		 412 aa  136  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.96 
 
 		 331 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  30.6 
 
 		 330 aa  132  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  30.96 
 
 		 327 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 		 330 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  28.47 
 
 		 316 aa  125  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  29.18 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  29.04 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  29.56 
 
 		 432 aa  122  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 329 aa  122  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  29.79 
 
 		 330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  30.04 
 
 		 441 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3370  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.948815  normal  0.259543 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  29.8 
 
 		 502 aa  99  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  30.41 
 
 		 503 aa  96.7  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 459 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.1 
 
 		 457 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  27.16 
 
 		 422 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  26.94 
 
 		 421 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  25.86 
 
 		 424 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  29.17 
 
 		 389 aa  87.8  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.33 
 
 		 457 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  27.62 
 
 		 404 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  30.3 
 
 		 509 aa  86.7  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 404 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 404 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.22 
 
 		 454 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 410 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  27.75 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  28.21 
 
 		 399 aa  82.8  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  27.8 
 
 		 398 aa  82.8  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  26.84 
 
 		 397 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  23.96 
 
 		 401 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.73 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  27.78 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 387 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  27.63 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 456 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 530 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2804  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.66 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.334081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  27.18 
 
 		 484 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  25.35 
 
 		 520 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  27.18 
 
 		 484 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  25.35 
 
 		 520 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  33.68 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  24.88 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 		 454 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  25.52 
 
 		 416 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 416 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 416 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.64 
 
 		 531 aa  75.9  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  29.33 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 416 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  26.42 
 
 		 488 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  26.78 
 
 		 491 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  27.6 
 
 		 423 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 491 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3957  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.46 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  24.74 
 
 		 459 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 489 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  25 
 
 		 484 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 459 aa  70.5  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  27.08 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  27.08 
 
 		 418 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 489 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  25.91 
 
 		 489 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  24.73 
 
 		 489 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.44 
 
 		 427 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  24.19 
 
 		 489 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  25.52 
 
 		 393 aa  68.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1081  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.6 
 
 		 468 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  24.19 
 
 		 489 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  23.04 
 
 		 407 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  24.73 
 
 		 516 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  24.19 
 
 		 489 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 472 aa  67.8  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  24.19 
 
 		 489 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  24.19 
 
 		 489 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>