141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00306 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00306  Secretion protein HlyD  100 
 
 		 412 aa  838    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3996  secretion protein HlyD  50.64 
 
 		 414 aa  395  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4385  secretion protein HlyD  50.63 
 
 		 414 aa  392  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.3317 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  47.99 
 
 		 415 aa  368  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  38.07 
 
 		 409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  36.57 
 
 		 432 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  35.4 
 
 		 441 aa  249  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  35.04 
 
 		 418 aa  236  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08530  efflux system component, RND family  35.28 
 
 		 419 aa  226  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104956  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  34.38 
 
 		 417 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00373  HelB protein  29.1 
 
 		 410 aa  179  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1969  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  36.4 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.166615  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0226  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  35.66 
 
 		 348 aa  160  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1956  hypothetical protein  35.21 
 
 		 358 aa  157  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0111518  normal  0.309858 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3767  Fis family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0386  hypothetical protein  30.94 
 
 		 408 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2030  biotin/lipoyl attachment  32.83 
 
 		 312 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.359501  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  29.86 
 
 		 331 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  29.07 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  30.8 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 		 331 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.2 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  31.5 
 
 		 503 aa  121  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  28.83 
 
 		 328 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1958  putative RND efflux system protein, MFP subunit  26.78 
 
 		 338 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  35.12 
 
 		 509 aa  116  8.999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  27.71 
 
 		 330 aa  116  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  29.92 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  23.16 
 
 		 538 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  28.52 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  30.67 
 
 		 315 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  23.13 
 
 		 484 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02028  putative RND efflux system protein, MFP subunit  28.63 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.692018  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.67 
 
 		 531 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  28.8 
 
 		 330 aa  102  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  31.09 
 
 		 502 aa  99.8  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  23.48 
 
 		 484 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3370  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 368 aa  93.6  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.948815  normal  0.259543 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  27.91 
 
 		 410 aa  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  27.23 
 
 		 404 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 404 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  29.17 
 
 		 397 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  24.54 
 
 		 424 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 404 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  24.07 
 
 		 422 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 416 aa  86.3  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  27.75 
 
 		 416 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  25.82 
 
 		 322 aa  85.5  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  26.77 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  27.23 
 
 		 416 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  25.82 
 
 		 322 aa  82.4  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 416 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 416 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  26.18 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  25.09 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  27.72 
 
 		 488 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 489 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 489 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 489 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  26.73 
 
 		 489 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  25.33 
 
 		 516 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.63 
 
 		 433 aa  76.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  26.73 
 
 		 489 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  26.73 
 
 		 489 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  26.73 
 
 		 489 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 491 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  28.08 
 
 		 520 aa  74.3  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  28.08 
 
 		 520 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 459 aa  74.7  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27 
 
 		 457 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  25.74 
 
 		 489 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  25.74 
 
 		 489 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  24.62 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  23.11 
 
 		 484 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  25.13 
 
 		 404 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 		 580 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  25.52 
 
 		 491 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 		 454 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 454 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.72 
 
 		 457 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 459 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 459 aa  63.5  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  24.63 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 530 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 		 407 aa  57  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.16 
 
 		 503 aa  56.2  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  23.24 
 
 		 385 aa  52.8  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.87 
 
 		 587 aa  51.2  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  24.88 
 
 		 435 aa  50.4  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 420 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  27.27 
 
 		 423 aa  49.7  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  24.3 
 
 		 625 aa  49.7  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  26.11 
 
 		 433 aa  49.3  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>