More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3456 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 308 aa  617  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  63.12 
 
 		 313 aa  360  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  38.98 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  39.41 
 
 		 329 aa  219  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  38.62 
 
 		 331 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.44 
 
 		 331 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  40.71 
 
 		 330 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.82 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  38.18 
 
 		 328 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  39.07 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  39.34 
 
 		 417 aa  202  8e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  37.73 
 
 		 315 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  38.6 
 
 		 418 aa  198  9e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  39.58 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  35.66 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  37.19 
 
 		 330 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0386  hypothetical protein  38.3 
 
 		 408 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3370  RND family efflux transporter MFP subunit  35.99 
 
 		 368 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.948815  normal  0.259543 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1958  putative RND efflux system protein, MFP subunit  31.71 
 
 		 338 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  34.32 
 
 		 409 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0226  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  33.81 
 
 		 348 aa  169  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1956  hypothetical protein  35.02 
 
 		 358 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0111518  normal  0.309858 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3767  Fis family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  35.29 
 
 		 415 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1969  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  33.57 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.166615  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  40.84 
 
 		 502 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  37.82 
 
 		 503 aa  159  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.45 
 
 		 433 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  32.14 
 
 		 432 aa  156  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4385  secretion protein HlyD  35.77 
 
 		 414 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.3317 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2030  biotin/lipoyl attachment  33.11 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.359501  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 538 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  32.73 
 
 		 416 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  34.2 
 
 		 459 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  37.06 
 
 		 407 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  38.34 
 
 		 509 aa  151  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  37.82 
 
 		 401 aa  151  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08530  efflux system component, RND family  33.58 
 
 		 419 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104956  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  39.18 
 
 		 400 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.68 
 
 		 457 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3996  secretion protein HlyD  34.63 
 
 		 414 aa  150  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  29.86 
 
 		 441 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  36.22 
 
 		 520 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  36.22 
 
 		 520 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02028  putative RND efflux system protein, MFP subunit  33.58 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.692018  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 		 456 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  38.54 
 
 		 421 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 404 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.67 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  36.32 
 
 		 416 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  34.52 
 
 		 404 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  34.5 
 
 		 459 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  36.65 
 
 		 422 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  36.32 
 
 		 416 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  36.32 
 
 		 416 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  36.32 
 
 		 416 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  35.6 
 
 		 404 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  35.6 
 
 		 404 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.69 
 
 		 531 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00306  Secretion protein HlyD  29.89 
 
 		 412 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  35.6 
 
 		 424 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00373  HelB protein  29.15 
 
 		 410 aa  138  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.35 
 
 		 457 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  33.85 
 
 		 491 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  33.85 
 
 		 489 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  38.02 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  33.85 
 
 		 489 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  33.85 
 
 		 488 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  33.85 
 
 		 489 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  32.8 
 
 		 491 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  32.47 
 
 		 484 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  32.8 
 
 		 489 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  32.26 
 
 		 489 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  32.02 
 
 		 459 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  32.26 
 
 		 516 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  31.72 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  31.72 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  31.72 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  31.72 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.49 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  33.67 
 
 		 484 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  33.67 
 
 		 484 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  35.41 
 
 		 399 aa  119  7e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  35.23 
 
 		 423 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  34.57 
 
 		 418 aa  103  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.68 
 
 		 427 aa  102  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  26.17 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  32.51 
 
 		 424 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  26.37 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 400 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.68 
 
 		 428 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  30.98 
 
 		 398 aa  99  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 410 aa  97.4  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  30.43 
 
 		 399 aa  96.7  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  26.67 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 683 aa  94  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  27.52 
 
 		 625 aa  93.2  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 387 aa  92.8  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  24.68 
 
 		 422 aa  92  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>