More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3297 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  84.45 
 
 
418 aa  714    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  100 
 
 
418 aa  839    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  51.77 
 
 
413 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.45 
 
 
412 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  50.5 
 
 
416 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.81 
 
 
421 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  45.83 
 
 
417 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.83 
 
 
417 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  44.63 
 
 
440 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  31.69 
 
 
415 aa  192  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  31.69 
 
 
375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 
384 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.66 
 
 
384 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2753  RND family efflux transporter MFP subunit  31.93 
 
 
416 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.853922  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  29.74 
 
 
382 aa  150  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  31.3 
 
 
451 aa  150  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5320  heavy metal cation tricomponent efflux protein ZniB  30.25 
 
 
404 aa  149  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 
403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.05 
 
 
465 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 
456 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 
382 aa  147  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.89 
 
 
382 aa  147  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  32.39 
 
 
386 aa  146  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  26.16 
 
 
377 aa  146  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.66 
 
 
384 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.66 
 
 
384 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 
455 aa  142  9e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 
472 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  32.19 
 
 
384 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  30.18 
 
 
527 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 
504 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  28.7 
 
 
466 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 
468 aa  139  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  30.7 
 
 
379 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  32.27 
 
 
344 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.06 
 
 
359 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0105666  normal  0.0985719 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0747  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.13 
 
 
405 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.413213  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  27.82 
 
 
390 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  28.24 
 
 
388 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  26.54 
 
 
467 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0918  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.27 
 
 
366 aa  132  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.581959 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 
460 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  27.98 
 
 
504 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.04 
 
 
526 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1301  RND family efflux transporter MFP subunit  26.41 
 
 
419 aa  130  6e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.837432  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2732  RND family efflux transporter MFP subunit  26.47 
 
 
361 aa  129  9.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0844309  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 
406 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.09 
 
 
627 aa  129  9.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 
406 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  26.82 
 
 
629 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  30.36 
 
 
517 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.59 
 
 
568 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 
581 aa  127  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 
502 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  37.56 
 
 
625 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  28.61 
 
 
500 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  27.17 
 
 
418 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 
359 aa  124  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  25.46 
 
 
365 aa  124  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  29.57 
 
 
526 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  30.03 
 
 
398 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 
374 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  28.74 
 
 
399 aa  123  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  27.54 
 
 
529 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  27.6 
 
 
578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2746  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.71 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 
502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 
500 aa  121  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  27.62 
 
 
472 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
427 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.24 
 
 
512 aa  119  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  26.69 
 
 
368 aa  119  9e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0579  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.23 
 
 
362 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.087454  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  27.96 
 
 
650 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  27.22 
 
 
491 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 
538 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.05 
 
 
537 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1342  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 
365 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.754197  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  27.83 
 
 
537 aa  117  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  31.67 
 
 
417 aa  116  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.2 
 
 
376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 
428 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 
410 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 
512 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 
509 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  26.97 
 
 
423 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  27.82 
 
 
397 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  30.93 
 
 
488 aa  113  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  24.38 
 
 
424 aa  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  31.47 
 
 
253 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  28.9 
 
 
382 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  26.61 
 
 
513 aa  112  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 
513 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 
514 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.61 
 
 
513 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 
537 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  27.27 
 
 
546 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  25.44 
 
 
427 aa  111  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  28.7 
 
 
384 aa  111  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>