More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3982 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 356 aa  725    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.29 
 
 		 356 aa  249  4e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.39 
 
 		 347 aa  230  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0508  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 363 aa  171  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1536  RND family efflux transporter MFP subunit  30.92 
 
 		 367 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  29.3 
 
 		 352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 359 aa  102  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  26.21 
 
 		 357 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  26.15 
 
 		 359 aa  97.8  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 		 383 aa  97.1  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 		 355 aa  95.9  9e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.44 
 
 		 403 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  26.08 
 
 		 432 aa  93.6  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 371 aa  92.8  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 370 aa  92.4  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  24.01 
 
 		 361 aa  90.1  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.77 
 
 		 396 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 356 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  27.86 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 371 aa  87.8  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 371 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 371 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  24.59 
 
 		 343 aa  87.4  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  26.96 
 
 		 353 aa  87.4  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.21 
 
 		 369 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 369 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  26.12 
 
 		 364 aa  86.3  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5033  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 340 aa  86.3  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.84 
 
 		 476 aa  86.3  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 358 aa  85.9  9e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  24.57 
 
 		 366 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1812  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 364 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 354 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  22.75 
 
 		 350 aa  84  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.54 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  22.83 
 
 		 366 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  24.53 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  25.64 
 
 		 366 aa  82.8  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  24.44 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 361 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.54 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  24.32 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  24.69 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.26 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  24.54 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  25.24 
 
 		 370 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.66 
 
 		 373 aa  79.3  0.00000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  24.6 
 
 		 365 aa  79.3  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  23.38 
 
 		 352 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 376 aa  79  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  22.54 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.75 
 
 		 352 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.65 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  26.57 
 
 		 394 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.44 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  24.58 
 
 		 354 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  23.62 
 
 		 366 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  23.62 
 
 		 367 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  23.67 
 
 		 365 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  22.96 
 
 		 371 aa  76.6  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.2 
 
 		 363 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  23.89 
 
 		 369 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.35 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.46 
 
 		 383 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  25.7 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  24.49 
 
 		 376 aa  75.5  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  23.64 
 
 		 393 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  21.45 
 
 		 359 aa  75.5  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.89 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  22.55 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0307  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.79 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  22.55 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  23.89 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  24.17 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  21.88 
 
 		 369 aa  74.7  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  25.81 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  22.74 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  23.85 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  24.42 
 
 		 388 aa  73.6  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  24.05 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  23.65 
 
 		 350 aa  73.2  0.000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.36 
 
 		 395 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 392 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  22.69 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 357 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2782  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 387 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.33 
 
 		 358 aa  72  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.45 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>