More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_5033 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_5033  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 340 aa  686    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.95 
 
 		 352 aa  106  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 		 356 aa  96.7  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1536  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 		 367 aa  90.5  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0508  RND family efflux transporter MFP subunit  26.53 
 
 		 363 aa  87.8  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.25 
 
 		 356 aa  86.3  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.75 
 
 		 347 aa  82.8  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 387 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  25.56 
 
 		 376 aa  76.3  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.01 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  33.13 
 
 		 359 aa  73.9  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 358 aa  73.9  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  25.09 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  29.63 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  29.63 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2635  RND family efflux transporter MFP subunit  27.02 
 
 		 370 aa  72.8  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0171634  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  28.5 
 
 		 407 aa  72  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  25.08 
 
 		 364 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.2 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  25.89 
 
 		 368 aa  70.9  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  35.42 
 
 		 373 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.51 
 
 		 379 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.95 
 
 		 357 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1296  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 373 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00794293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.83 
 
 		 379 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  25.35 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.67 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3278  hypothetical protein  31.37 
 
 		 374 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  23.33 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  22.44 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 		 379 aa  67  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  24.46 
 
 		 366 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 354 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2903  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  24.43 
 
 		 368 aa  66.6  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0820  secretion protein HlyD family protein  28 
 
 		 342 aa  66.6  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.495738  hitchhiker  0.000581546 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.68 
 
 		 361 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0695  hypothetical protein  31.13 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  22.76 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  28.8 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4363  RND efflux system membrane fusion protein  26.58 
 
 		 467 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  28.24 
 
 		 357 aa  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.64 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1570  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 375 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.628485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1246  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 		 373 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1316  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 		 373 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0457326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.64 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.74 
 
 		 430 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  27.12 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08701  membrane fusion protein  31.94 
 
 		 392 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  31.54 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.93 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2568  secretion protein HlyD  29.7 
 
 		 412 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  29.75 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  27.68 
 
 		 386 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  23.25 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0713  hypothetical protein  30.46 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 		 367 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  21.47 
 
 		 358 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.56 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  21.47 
 
 		 358 aa  63.5  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  22.43 
 
 		 390 aa  63.2  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2570  hypothetical protein  21.4 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295981  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3112  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 374 aa  62.8  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  31.58 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  23.58 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.34 
 
 		 357 aa  62.8  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0173163  normal  0.372844 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 360 aa  62.8  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 		 455 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.31 
 
 		 426 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 360 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 358 aa  62  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.75 
 
 		 430 aa  62.4  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1278  secretion protein HlyD  25.91 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0363804  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  26.91 
 
 		 367 aa  62  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  24.31 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 360 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  22.8 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  23.33 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2342  secretion protein HlyD  34.06 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.65 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5851  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834667 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  30.91 
 
 		 352 aa  61.6  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  23.63 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>