More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0618 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 387 aa  784    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4621  RND family efflux transporter MFP subunit  42.78 
 
 		 386 aa  307  3e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  42.03 
 
 		 371 aa  290  3e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  46.67 
 
 		 372 aa  277  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0157  hypothetical protein  41.26 
 
 		 366 aa  268  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2570  hypothetical protein  39.29 
 
 		 370 aa  255  8e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295981  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0868  RND family efflux transporter MFP subunit  36.19 
 
 		 358 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.231559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2624  RND family efflux transporter MFP subunit  34.01 
 
 		 357 aa  206  6e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0171  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 		 378 aa  202  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2743  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.31 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.125422  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  32.3 
 
 		 360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  31.41 
 
 		 356 aa  189  9e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3333  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 377 aa  188  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0510  RND family efflux transporter MFP subunit  31.68 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0586812  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  31.81 
 
 		 354 aa  178  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0216385  normal  0.245234 
 
 
-
 
NC_002978  WD0345  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 		 360 aa  173  5e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0426386  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2051  RND family efflux transporter MFP subunit  29.74 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0552963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0988  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1163  efflux transporter  30.59 
 
 		 383 aa  138  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.707562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2197  secretion protein HlyD  26.1 
 
 		 446 aa  122  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2113  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 360 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0151  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.961169  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 365 aa  95.9  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 365 aa  95.9  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  27.95 
 
 		 386 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.85 
 
 		 365 aa  95.1  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  31.02 
 
 		 380 aa  93.2  7e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.04 
 
 		 380 aa  92  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.62 
 
 		 368 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 354 aa  90.5  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 354 aa  90.1  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  26.07 
 
 		 358 aa  89.7  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 389 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  30.81 
 
 		 403 aa  89  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  28.64 
 
 		 397 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 379 aa  88.2  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.79 
 
 		 375 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  29.95 
 
 		 397 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  28.51 
 
 		 372 aa  87.8  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  25.75 
 
 		 368 aa  87.4  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.38 
 
 		 367 aa  87  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  29.79 
 
 		 376 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  29.49 
 
 		 397 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 383 aa  85.9  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  30.52 
 
 		 403 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 		 363 aa  85.1  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  25.08 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  26.98 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  25.1 
 
 		 401 aa  85.5  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  25.82 
 
 		 373 aa  85.1  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 		 363 aa  85.1  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.06 
 
 		 358 aa  84  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 504 aa  83.6  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  28.46 
 
 		 378 aa  84  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 538 aa  83.6  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  24.91 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  24.23 
 
 		 361 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  23.99 
 
 		 407 aa  82.8  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 354 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  28.5 
 
 		 359 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 		 393 aa  81.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  35.66 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.71 
 
 		 381 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  26.9 
 
 		 407 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  28.52 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5033  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0861  secretion protein HlyD  25.42 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0209949  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  30 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  24.86 
 
 		 357 aa  80.9  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  30.73 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  24.68 
 
 		 371 aa  80.5  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  27.75 
 
 		 375 aa  80.5  0.00000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.15 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  23.15 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  24.91 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  23.21 
 
 		 351 aa  80.1  0.00000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0825  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  23.21 
 
 		 351 aa  79.7  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>