More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1936 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1936  transporter, putative  100 
 
 
349 aa  699    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1700  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 
346 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116912  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2036  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 
346 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0261077  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.21 
 
 
373 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  28.53 
 
 
424 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  28.62 
 
 
422 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.68 
 
 
377 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 
379 aa  96.3  7e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2879  hypothetical protein  25.16 
 
 
355 aa  95.1  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 
376 aa  93.6  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2586  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 
388 aa  92.4  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000121955  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 
374 aa  92  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.96 
 
 
407 aa  91.3  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  28.33 
 
 
416 aa  90.1  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 
404 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.81 
 
 
356 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  27.49 
 
 
401 aa  88.6  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 
407 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 
538 aa  87.8  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1988  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 
362 aa  87.4  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.23 
 
 
369 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.64 
 
 
354 aa  87.4  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 
350 aa  87.8  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.53 
 
 
367 aa  87  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.82 
 
 
380 aa  87.4  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.69 
 
 
373 aa  87  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  28.38 
 
 
366 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.61 
 
 
509 aa  87.4  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 
416 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 
421 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 
397 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 
381 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  25.71 
 
 
416 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 
416 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 
354 aa  86.3  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 
416 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  26.02 
 
 
374 aa  85.9  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  26.02 
 
 
374 aa  85.9  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  28.14 
 
 
407 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.5 
 
 
358 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.99 
 
 
381 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0309  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 
349 aa  84.3  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.064434  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.97 
 
 
353 aa  84  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 
386 aa  83.2  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  25.77 
 
 
484 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
354 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  25.15 
 
 
404 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  26.43 
 
 
400 aa  83.2  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 
363 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 
385 aa  82.8  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  28.36 
 
 
366 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 
404 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 
353 aa  82.4  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  25.7 
 
 
365 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.45 
 
 
391 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 
410 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  25.91 
 
 
509 aa  81.3  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  25.77 
 
 
484 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 
354 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  27.42 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.85 
 
 
428 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  26.14 
 
 
424 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 
433 aa  81.3  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  23.78 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1044  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 
361 aa  80.5  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0011899  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 
355 aa  80.5  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  25.51 
 
 
377 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 
435 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1475  secretion protein HlyD  30.17 
 
 
368 aa  79.3  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  27.44 
 
 
344 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 
365 aa  79  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  25.58 
 
 
359 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  29.45 
 
 
371 aa  79.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  28.04 
 
 
413 aa  79.3  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  26.3 
 
 
371 aa  79.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 
354 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1476  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.2 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142053  normal  0.195363 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.75 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  26.38 
 
 
364 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4850  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 
385 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  27.62 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.27 
 
 
442 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  23.92 
 
 
379 aa  78.2  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  25.61 
 
 
390 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.85 
 
 
427 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  26.1 
 
 
397 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  26.25 
 
 
397 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  26.39 
 
 
376 aa  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  26.58 
 
 
421 aa  77  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 
368 aa  77  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  25.3 
 
 
449 aa  76.6  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 
354 aa  77  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.34 
 
 
362 aa  76.6  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  25 
 
 
354 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>