More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0890 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  100 
 
 		 306 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  82.08 
 
 		 307 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.12 
 
 		 298 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  64.58 
 
 		 312 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  60.07 
 
 		 300 aa  312  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  61.64 
 
 		 301 aa  308  5e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  60.92 
 
 		 296 aa  302  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.88 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  41.42 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  37.5 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  37.72 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  34.89 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.83 
 
 		 351 aa  149  9e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  33.73 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  33.58 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  32.86 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  35.32 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  35.6 
 
 		 293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  33.9 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.79 
 
 		 396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  38.92 
 
 		 385 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.23 
 
 		 396 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  37.44 
 
 		 408 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.68 
 
 		 396 aa  112  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.68 
 
 		 396 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  37.13 
 
 		 427 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.49 
 
 		 414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  31.96 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  39.25 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  35.94 
 
 		 391 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.25 
 
 		 402 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  38.71 
 
 		 409 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  38.17 
 
 		 413 aa  103  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  32.29 
 
 		 395 aa  102  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.63 
 
 		 413 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 		 426 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 389 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  34.39 
 
 		 390 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  33.86 
 
 		 386 aa  97.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 397 aa  94  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.19 
 
 		 366 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.19 
 
 		 366 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.5 
 
 		 361 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.72 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 390 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.64 
 
 		 383 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.516168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 369 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.44 
 
 		 390 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 394 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  28.34 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  30.77 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  28.65 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 392 aa  63.9  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  29.58 
 
 		 471 aa  63.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  30.73 
 
 		 363 aa  63.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  28.04 
 
 		 382 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.84 
 
 		 366 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.98 
 
 		 396 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 371 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  28.69 
 
 		 404 aa  62  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 		 580 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  30.16 
 
 		 347 aa  61.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1968  multidrug efflux pump, membrane fusion protein CzcB subfamily  27.14 
 
 		 394 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0347448 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  25.39 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  25.39 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.64 
 
 		 400 aa  59.7  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  30.9 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.5 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  26.22 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.67 
 
 		 367 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.18 
 
 		 367 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  30.57 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 403 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  28.7 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 		 526 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  23.79 
 
 		 451 aa  57.4  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  28.82 
 
 		 398 aa  57  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1265  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 396 aa  57  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.28 
 
 		 509 aa  57  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 442 aa  56.6  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.18 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.18 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  25.24 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.38 
 
 		 537 aa  56.2  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 357 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>