More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4394 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 382 aa  776    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 382 aa  776    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1301  RND family efflux transporter MFP subunit  40.59 
 
 		 419 aa  300  3e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.837432  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  49.66 
 
 		 365 aa  295  9e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.58 
 
 		 456 aa  193  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  32.81 
 
 		 468 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  32.81 
 
 		 472 aa  189  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32 
 
 		 460 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.88 
 
 		 465 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  31.49 
 
 		 466 aa  179  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  32.47 
 
 		 504 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  30.7 
 
 		 455 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 		 451 aa  169  8e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  32.76 
 
 		 581 aa  169  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  34.36 
 
 		 527 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 671 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  30 
 
 		 413 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.04 
 
 		 705 aa  151  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  30.79 
 
 		 416 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  29.89 
 
 		 418 aa  147  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  30.17 
 
 		 538 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 537 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 537 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  31.1 
 
 		 440 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  31.61 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  32.13 
 
 		 504 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  29.03 
 
 		 537 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.41 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  28.27 
 
 		 399 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.14 
 
 		 526 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  25.66 
 
 		 404 aa  140  4.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.08 
 
 		 482 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.08 
 
 		 482 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.19 
 
 		 438 aa  139  7e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  28.71 
 
 		 625 aa  138  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.82 
 
 		 568 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  30.13 
 
 		 377 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 417 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.45 
 
 		 417 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  28.72 
 
 		 540 aa  135  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  29.07 
 
 		 388 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 439 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  29.14 
 
 		 439 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  31.74 
 
 		 578 aa  134  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  28.07 
 
 		 398 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 418 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  28.81 
 
 		 546 aa  133  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  30.65 
 
 		 405 aa  132  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 		 529 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 406 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  30.06 
 
 		 344 aa  131  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 406 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  27.42 
 
 		 491 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 513 aa  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 509 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  28.8 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 683 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  29.13 
 
 		 545 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 		 486 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  27.51 
 
 		 500 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 406 aa  126  6e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  27.83 
 
 		 472 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  26.35 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  27.75 
 
 		 386 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 509 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  28.94 
 
 		 502 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  28.12 
 
 		 415 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 500 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  28.25 
 
 		 408 aa  123  6e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  27.9 
 
 		 455 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  31.7 
 
 		 403 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  27.95 
 
 		 526 aa  122  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 498 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 508 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  25.92 
 
 		 467 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4358  secretion protein HlyD  28.4 
 
 		 472 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  25.76 
 
 		 571 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  29.39 
 
 		 473 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 		 627 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  27.18 
 
 		 521 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 502 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  28.48 
 
 		 650 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  28.16 
 
 		 513 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 512 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  26.77 
 
 		 577 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.83 
 
 		 513 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 513 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  26.86 
 
 		 545 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  26.45 
 
 		 509 aa  120  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 379 aa  119  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 514 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  27.83 
 
 		 513 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  27.7 
 
 		 561 aa  118  9.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  30.19 
 
 		 402 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 552 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>