More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0908 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 300 aa  587  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  75 
 
 		 293 aa  424  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  46.64 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  44.66 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  41.13 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  42.69 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  38.98 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  40.86 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  42.91 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  39.24 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.85 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  36.86 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  39.27 
 
 		 312 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  37.89 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.48 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  35.89 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.85 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  36.36 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  34.52 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.07 
 
 		 413 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  38.07 
 
 		 413 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.15 
 
 		 402 aa  103  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.07 
 
 		 413 aa  102  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.99 
 
 		 414 aa  102  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  37.57 
 
 		 402 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  36.05 
 
 		 409 aa  99  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  35.47 
 
 		 427 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 385 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.5 
 
 		 396 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 		 408 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 389 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.5 
 
 		 396 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.14 
 
 		 396 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.14 
 
 		 396 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  32.37 
 
 		 426 aa  85.9  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  33.73 
 
 		 394 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  34.92 
 
 		 386 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 392 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  30 
 
 		 391 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 395 aa  76.3  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.94 
 
 		 349 aa  75.9  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  31.33 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  29.82 
 
 		 378 aa  73.2  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  30.8 
 
 		 322 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 397 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.33 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  31.09 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  29.65 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  33.74 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  27.38 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  30.67 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 		 377 aa  66.6  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  28.78 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 356 aa  65.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  30.05 
 
 		 386 aa  65.9  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.01 
 
 		 373 aa  65.9  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  36.26 
 
 		 370 aa  65.5  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 609 aa  65.1  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  23.39 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.8 
 
 		 376 aa  64.3  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 354 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  27.57 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.76 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 		 354 aa  62.4  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 354 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 354 aa  62.4  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.24 
 
 		 410 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.61 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  28.07 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  27.11 
 
 		 383 aa  62  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  34.41 
 
 		 550 aa  61.6  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.97 
 
 		 425 aa  61.2  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 364 aa  60.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  30.18 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  32.43 
 
 		 472 aa  60.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.59 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  34.51 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 375 aa  60.8  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2036  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 346 aa  59.7  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0261077  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  29.3 
 
 		 392 aa  59.7  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1700  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 346 aa  59.7  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116912  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  27.06 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.85 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.39 
 
 		 427 aa  59.3  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  24.08 
 
 		 352 aa  58.9  0.00000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.26 
 
 		 397 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  33.69 
 
 		 473 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 		 537 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 477 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.67 
 
 		 353 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  24.76 
 
 		 358 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  28.07 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>