More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4405 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  100 
 
 		 550 aa  1097    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  63.32 
 
 		 473 aa  526  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  60.99 
 
 		 451 aa  524  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.484161  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.64 
 
 		 508 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  62.88 
 
 		 473 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.31 
 
 		 509 aa  509  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  59.15 
 
 		 472 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4358  secretion protein HlyD  58.29 
 
 		 472 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.64 
 
 		 486 aa  488  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.53 
 
 		 494 aa  488  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  58.33 
 
 		 498 aa  482  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  57.91 
 
 		 477 aa  473  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  54.99 
 
 		 478 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1853  secretion protein HlyD  57.21 
 
 		 471 aa  464  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  55.96 
 
 		 475 aa  461  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3427  cation efflux system protein cusB precursor  54.16 
 
 		 474 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0060  secretion protein HlyD precursor  53.65 
 
 		 477 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1102  secretion protein HlyD  52.61 
 
 		 470 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3642  putative cation efflux system protein cusB precursor  53.04 
 
 		 475 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1604  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.82 
 
 		 464 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.344035  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2740  secretion protein HlyD  51.52 
 
 		 462 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.135625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  47.11 
 
 		 504 aa  353  5.9999999999999994e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  48.41 
 
 		 537 aa  350  5e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  46.19 
 
 		 540 aa  343  4e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  44.94 
 
 		 546 aa  337  3.9999999999999995e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  43.1 
 
 		 538 aa  329  9e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.33 
 
 		 537 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  46.51 
 
 		 422 aa  326  6e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.77 
 
 		 512 aa  326  8.000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  42.67 
 
 		 537 aa  324  2e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  46.56 
 
 		 517 aa  313  4.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0354  RND family efflux transporter MFP subunit  41.82 
 
 		 518 aa  277  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  37.63 
 
 		 467 aa  263  6.999999999999999e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  40.11 
 
 		 502 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.24 
 
 		 568 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  38.02 
 
 		 500 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  38.16 
 
 		 504 aa  237  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  35.86 
 
 		 715 aa  236  7e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  39.27 
 
 		 527 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  35.19 
 
 		 683 aa  228  2e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  36.36 
 
 		 455 aa  223  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  36.62 
 
 		 377 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  33.33 
 
 		 629 aa  218  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  33.6 
 
 		 672 aa  216  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  37.91 
 
 		 545 aa  216  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  34.24 
 
 		 581 aa  214  2.9999999999999995e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  32.88 
 
 		 525 aa  212  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  36.67 
 
 		 545 aa  211  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  34.99 
 
 		 509 aa  209  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.68 
 
 		 526 aa  208  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  33.25 
 
 		 529 aa  206  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  36.67 
 
 		 552 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  34.41 
 
 		 410 aa  199  7.999999999999999e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  35.54 
 
 		 468 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  34.48 
 
 		 490 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.42 
 
 		 510 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  32.22 
 
 		 491 aa  196  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  35.12 
 
 		 521 aa  195  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.23 
 
 		 460 aa  194  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.08 
 
 		 510 aa  193  6e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  34.53 
 
 		 513 aa  192  9e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.34 
 
 		 432 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  34.77 
 
 		 408 aa  192  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  30.81 
 
 		 571 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  33.89 
 
 		 451 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 483 aa  191  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  35.34 
 
 		 542 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  33.06 
 
 		 417 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  34.86 
 
 		 466 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  33.64 
 
 		 472 aa  190  7e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.62 
 
 		 627 aa  188  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 488 aa  187  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.7 
 
 		 516 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.7 
 
 		 516 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  32.27 
 
 		 505 aa  183  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.26 
 
 		 456 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 		 486 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  35.98 
 
 		 625 aa  182  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  30.55 
 
 		 526 aa  182  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  32.42 
 
 		 491 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.43 
 
 		 507 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  30.53 
 
 		 577 aa  181  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.51 
 
 		 500 aa  181  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  30.97 
 
 		 523 aa  180  7e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  32.71 
 
 		 497 aa  179  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.95 
 
 		 465 aa  179  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.39 
 
 		 457 aa  178  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  30.77 
 
 		 489 aa  178  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  31.76 
 
 		 640 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  32.51 
 
 		 513 aa  176  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 482 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 523 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 523 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 523 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 507 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 482 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  32.28 
 
 		 507 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  29.56 
 
 		 460 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  32.08 
 
 		 505 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.03 
 
 		 438 aa  174  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>